С целью обеспечить лояльность российских мусульман перед русско-турецкой войной Екатерина II посетила в Казани мечеть и приветствовала татарских старейшин на их родном языке (и действительно, никакой оппозиции со стороны российских мусульман в периоды русско-турецких войн не последовало). В 1773 г., в ответ на жалобу казанского архиерея на то, что в Казани мечети строились «близ благочестивых церквей», Екатерина, ссылаясь на статьи «Наказа», указала, чтобы «отныне Преосвященным Архиереям в дела, касающиеся до всех иноверных исповеданий и до построения по их законам молитвенных домов, не вступать, а предоставлять оное все на рассмотрение светских команд». Со второй половины XVIII в. в России светская власть запрещает и насильственное крещение мусульман, а с 1788 г. в Уфе был создан муфтият, который взял на себя управление делами всех мусульман Поволжья. Позднее были созданы духовные управления мусульман Кавказа, Закавказья, Оренбурга; в конце XVIII–XIX в. открывались многочисленные мусульманские школы.
Менялась и политика в отношении евреев. Если императрица Елизавета Петровна заявила, что не желает иметь прибыли от «врагов Христовых» и не допустила евреев торговать в Российской империи, то Екатерина гарантировала свободу вероисповедания еврейскому населению, вошедшему в состав России после первого раздела Польши. Были восстановлены права кагала, т. е. еврейского самоуправления, существенно ограниченные до этого в Польше. Право еврейского населения вступать в городские сословия и входить в органы самоуправления городов Российской империи гарантировалось Городовым положением 1785 г. Указы о черте оседлости, опиравшиеся на давнюю европейскую практику, появились только в 1790-х годах, в том числе после жалоб московских купцов на еврейскую конкуренцию. Они предписывали евреям, исповедующим иудаизм, селиться только на западе Российской империи от Белоруссии и Курляндии до Крыма.
После первого раздела Польши католики и униаты, веками считавшиеся главными врагами русского православия, получили дозволение на строительство церквей. Тем не менее российская императрица, как и прусский король, оставляла за собой право вмешиваться в дела католической церкви и тщательно следить, чтобы все распоряжения, приходящие из Рима, получали силу только с ведома российских государственных властей.
Политика веротерпимости при Екатерине II распространилась и на русских старообрядцев. Указом 1763 г. уничтожалась Раскольничья контора и все дела, связанные со старообрядчеством, были переданы из церковного в ведомство светского правительства. Синоду предписывалось не заводить никаких комиссий подобного рода и освободить всех заключенных, содержащихся в синодальных и консисторских тюрьмах. Бежавшие за рубеж старообрядцы приглашались на родину, а с 80-х годов отменялся и обременительный «двойной оклад» (удвоенные подати), введенный Петром I.
Правда, из всех мероприятий, утверждающих основы веротерпимости в России, именно смягчение политики в отношении старообрядцев вызвало более всего протестов видных иерархов русской церкви. Митрополиты Гавриил (Петров) и Амвросий (Зертис-Каменский) указывали, что если политика по отношению к иностранным исповеданиям не представляла особой опасности для русских (поскольку «в кирхах публичных и мугаметанских зловериях» богослужение производится не на русском языке), то «раскольники-льстецы к нам по наружности близки, ибо от нас и произошли и наших же, а не чужих совращают… и те же таинства, что и мы святотатски действуют». Гавриил также подчеркивал, что Петр I был суров с «раскольниками яко народными мятежниками», а «вселенские и российские патриархи… [их] не за маловажных суеверов, как ныне многие о них думают, но за сущих еретиков признавали». Опасения по поводу излишней снисходительности к раскольникам высказывали и некоторые представители просвещенной элиты, например М.М. Щербатов. В своей «Статистике в отношении России» (1776–1777) Щербатов предупреждал, что старообрядцы, которые «суть неприятели правительства», пользуются особым авторитетом среди «простого народа», ибо придерживаются «строгой жизни» и «упражняются в торговле и ремеслах». Однако были в России и иные мнения относительно старообрядчества. Так, митрополит Платон (Левшин) полагал, что в основе «раскола» лежали «малости ничего не значащие», что преследования «раскольников» были неоправданными, а их присоединение к господствующей церкви должно совершаться только просвещением и снисхождением. В 1781 г. благодаря усилиям митрополита Платона, Никифора Феотоки и Г.А. Потемкина было введено единоверие, в рамках которого старообрядцам разрешалось молиться по старым книгам, при условии, что они будут принимать священников от синодальной церкви. При Павле I единоверцы получили государственный статус, но редкие переходы старообрядцев в единоверие ни в XVIII в., ни позднее серьезных успехов в преодолении раскола не принесли.