Отразившееся в позаимствованном у Чеймберза названии стремление очертить круг всех человеческих знаний произрастало на подготовленной почве и восходило к накопленным ранее традициям энциклопедизма. Однако помещенная в конце «Предварительного рассуждения» Даламбера «воображаемая система знаний», схематически представленная в виде разветвленного древа, смело нарушала прежние каноны, являя собой нечто совершенно новое. Р. Дарнтон подчеркивает: вместо того чтобы тасовать научные дисциплины в рамках устоявшейся парадигмы, эта система «замахнулась на отделение познаваемого от непознаваемого, исключив из мира учености большую часть того, что считалось священным». «Энциклопедия» решительно отказалась признать теологию «царицей наук» и (несмотря на некоторое количество осторожных статей, посвященных теологическим сюжетам) высвободила совокупность человеческого знания из плена христианских догматов.
У «древа знаний», взращенного Дидро и Даламбером, имелось немало прототипов. Попытки распутать пестрый клубок человеческого знания, выявить в нем систему и установить определенный порядок предпринимали и Томас Гоббс, и Джон Локк, и Френсис Бэкон, и другие мыслители недавнего прошлого. Ближайшей по времени была схема, предложенная Чеймберзом, который представлял знание в виде двух больших стволов — естественнонаучного и «искусственно-технического, состоящего в дальнейшем применении и развитии естественнонаучных понятий». Последний разветвлялся на внешнее и внутреннее знание (логику). Внешнее, в свою очередь, делилось на реальное и символическое. К реальным знаниям относились: знание «новейших способностей и свойств тел» (химия); знание их «количественных характеристик» (Чембейрз называл это высшей математикой, но включал сюда и оптику, и гидравлику, и механику, и пиротехнику, и астрономию, и географию, и др.); знание строения органических тел (анатомия); знание «отношений тел к сохранению и совершенствованию» (в этот раздел попали медицина, фармакопея, сельское хозяйство, садоводство, но также «коновальство» и «разведение животных»). Что же касается естественнонаучного ствола, то он, согласно схеме «Циклопедии», разветвлялся на чувственное и рациональное знание, причем чувственное знание определялось как «постижение феноменов или внешних объектов» и включало в себя метеорологию, гидрологию, минералогию, фитологию и зоологию, а рациональным знанием Чеймберз называл «постижение изначальных характеристик или состояний чувственных объектов», относя сюда совокупно физику, метафизику, математику и религию.
Именно это последнее обстоятельство делало «древо знаний» Чеймберза совершенно неприемлемым для французских энциклопедистов. Они не могли допустить, чтобы метафизика и теология стояли на одной ступени с физикой и математикой. К тому же система Чеймберза не оставляла никакого места для главной в их понимании сферы знания — философии. Поэтому Дидро и Даламбер предпочли путь, намеченный другим их предшественником — Бэконом.
Увязывая происхождение человеческих знаний, искусств и наук со свойствами сознания, Бэкон в работе «О достоинстве и приумножении наук» (1623) предложил трехчастное деление: память — воображение — разум. Эти же три «ствола знаний» воспроизвели в своей схеме и создатели «Энциклопедии». Как и Бэкон, Дидро и Даламбер выводили из «ствола памяти» историю, из «ствола воображения» поэзию, а из «ствола разума» философию. Подобная верность первоисточнику даже стоила им в свое время упреков в плагиате, однако в деталях две концепции существенно расходились. Во-первых, изменилась иерархия. Центральное и безусловно доминирующее место в «Энциклопедии» заняла философия, берущая свое начало в разуме. Дидро подчеркивал: «Философское древо — самое подробное и самое важное в нашей системе», тогда как у Бэкона «нельзя обнаружить почти ничего». Этот упрек энциклопедистов был не вполне справедлив. У Бэкона философия тоже была разработанным и насыщенным различными рубриками разделом, но полсотни бэконовских «ветвей», конечно же, выглядели скромно на фоне «густых зарослей» «Энциклопедии»: в схеме Дидро и Даламбера философия имела более полутора сотен рубрик. Разумеется, нашлось среди них место «наукам о Боге». Энциклопедисты даже благоразумно поставили их на самый верх — перед науками о человеке и науками о природе, предвидя неизбежные атаки апологетов. Однако сама мысль подчинить религию философии, т. е. разуму, содержала мощный посыл к секуляризации всей этой сферы знания. К тому же «науки о Боге» оказались на «древе» «Энциклопедии» самой неразвитой ветвью, причем «теология откровения» стояла в одном ряду с «учениями о добрых и злых духах», а «религия» — в одном ряду с «предрассудками», «прорицаниями» и «черной магией».