На первом этапе административной реформы новые учреждения создавались там, где в этот момент находился царь, дабы они всегда были у него под рукой и можно было бы быстро оформить всякое новое решение. Старые учреждения при этом не ликвидировались, а продолжали функционировать параллельно с новыми. С основанием Петербурга вновь созданные учреждения в большинстве своем обосновались в новой столице, и центр тяжести в системе управления стал смещаться туда, в то время как московские приказы превращались фактически в филиалы петербургских канцелярий. В Петербург перебралась и Консилия министров, возникшая первоначально в качестве боярской комиссии, которой поручалось управлять Москвой в отсутствие царя. Постепенно, однако, компетенция Консилии расширялась, распространяясь на всю территорию страны, а в ее состав стали входить не бояре, а руководители важнейших приказов. Хотя статус Консилии министров в системе центральной власти и сфера ее полномочий не были законодательно определены, Петр стремился упорядочить и регламентировать ее деятельность на бюрократических началах.
Организация деятельности Консилии министров стала прообразом нового бюрократического порядка делопроизводства, позднее распространенного и на другие вновь создаваемые государственные учреждения. Этот порядок предусматривал, в частности, обязательное составление протоколов заседаний, которые затем должны были подписываться каждым из присутствовавших. По замыслу Петра, тем самым обеспечивалась индивидуальная ответственность чиновников за коллективно принимаемые ими решения.
Именно этот порядок породил и один из наиболее известных афоризмов Петра Великого. 7 октября 1707 г. царь писал князю Федору Юрьевичу Ромодановскому: «Siir. Изволь объявить при съезде в полате всем министром, которые в конзилию съезжаютца, чтоб они всякие дела, о которых советуют, записывали, и каждой бы министр своею рукою подписывали, что зело нужно надобно, и без того отнюдь никакого дела не определяли, ибо сим всякого дурость явлена будет. Piter» (Письма и бумаги императора Петра Великого. СПб., 1912. Т. 6. С. 129).
В 1711 г. на смену Консилии министров пришел Правительствующий Сенат — учреждение, задуманное царем в качестве центрального звена всей системы управления, которое должно было обеспечивать ее бесперебойную работу, контролируя все остальные центральные и местные органы власти и координируя их деятельность. Так, важным средством контроля должны были стать регулярные сенаторские ревизии на местах. Сенату также поручалось решение таких стратегически важных вопросов, как поиск новых источников доходов, забота о внутренней и внешней торговле, борьба с уклонениями от военной службы и т. д. Он же стал высшей судебной инстанцией. Таким образом, Сенат сочетал в себе функции высшего органа исполнительной и судебной власти. При этом он имел право издавать указы общегосударственного значения, но лишь в рамках уже существующих законодательных норм. На практике, однако, на отдельных этапах истории России XVIII в. в связи с ослаблением верховной власти Сенат на короткие моменты брал на себя и законодательную инициативу. Создание Сената повлекло за собой изменения в структуре центральных ведомств и ликвидацию ряда приказов. Одновременно с этим сам Сенат постепенно обрастал различными дочерними организациями — конторами, канцеляриями, палатами, необходимыми для исполнения его функций и бравшими на себя обязанности прежних учреждений.