При этом советская власть отказалась вести диалог с церковью, не признала права церквей на внутреннюю автономию, создавая тем самым предпосылки для вмешательства в их внутреннюю жизнь. Декрет и последовавшие за ним документы свидетельствовали о начале системной борьбы с влиянием религиозных институтов. Политика в отношении религии показывает стабильное расхождение теоретических марксистских концепций и практических большевистских мер. Одновременно в этой сфере на протяжении всего советского периода особенно четко видна разница между пропагандистскими установками, спускаемыми сверху, и их пониманием и реализацией на местах. Если теоретические постулаты предполагали терпимое отношение к проявлениям религиозности и акцент в борьбе с ними делали на атеистическом просвещении, то на практике преобладала тенденция к насильственному вытеснению религиозных символов и их носителей. Формирующаяся политическая религия утверждала свое превосходство над старыми религиозными традициями через их унижение, противопоставляя их ритуалам и практикам собственные культы, ритуальные действия, своих жрецов и свои святые места. Коммунистическая агитация использовала многие формы, сложившиеся в христианском культе, меняя при этом их содержание. В работах исследователей общим местом стали сопоставления демонстраций с крестными ходами, посещение мавзолея — с паломничествами к святым местам, портретов и бюстов вождей — с иконами, революционных песен — с молитвами и т. п. Формирование культа В. И. Ленина началось еще при его жизни; его личность стала обрастать типичными чертами сверхчеловека–божества.
В начальный период острие борьбы было направлено против Православной церкви, которая осознавалась советской властью как опасный политический противник и конкурент в борьбе за сознание православного населения России. К концу Гражданской войны большевистское руководство воспринимало Церковь как враждебную контрреволюционную организацию, которую необходимо обезвредить в ближайшее время. Систематический характер антицерковные акции приобрели с марта 1922 г., когда в ходе развернувшейся кампании по изъятию церковных ценностей советское руководство поставило задачу уничтожения Православной церкви как сколько–нибудь значимого общественного института. В ходе этого наступления с небывалым до этого размахом стали использоваться такие рычаги давления на церковь и верующих, как репрессии, поощрение внутрицерковных разделений (в частности, так называемого обновленческого раскола — движения, возникшего после Февральской революции 1917 г., вставшего в оппозицию к патриарху Тихону; просуществовало до середины 1940-х годов) и массированная антирелигиозная пропаганда. Фактически эти цели и методы претворения их в жизнь сохраняли свою актуальность до конца 1930-х годов. Современными исследователями обнаружены и в значительной степени опубликованы документы, свидетельствующие о том, как партийными и карательными органами обсуждались и реализовывались соответствующие мероприятия.
В 1929 г. было принято новое законодательство — постановление ВЦИК и СНК РСФСР и других союзных республик «О религиозных объединениях», которое жестко ограничивало их жизнь сферой «отправления культа» и прямо запрещало любую хозяйственную, благотворительную и образовательную деятельность. Это постановление с некоторыми поправками оставалось в силе до 1990 г. Принятие постановления «О религиозных объединениях» означало начало нового витка преследования духовенства и верующих. К этому моменту Российская церковь подошла ослабленной предшествовавшей антирелигиозной политикой: в ней существовало несколько расколов, появление которых было во многом инспирировано тайной политикой власти, около 60% ее епископов было репрессировано или удалено со своих кафедр в административном порядке, власти препятствовали созыву Поместного собора и выборам нового Патриарха, поэтому с 1925 г. Церковью управляли местоблюстители Патриаршего престола. Начиная с 1929 г. репрессивная политика касалась уже не только православных и католиков — как в основном было в 1920-е годы, — но всех религиозных объединений страны: теперь массированно преследовались мусульмане, протестанты, иудеи, т. е. те религиозные традиции, которые ранее были терпимы как проявления национальных особенностей соответствующих народов.