Свои особенности имела религиозная политика нацистской Германии. Она реализовывалась на фоне построения национал–социализма, политической религии особого типа, основанной на идее о превосходстве арийской расы, и характеризовалась стремлением перестроить идейную базу традиционных церквей, прежде всего протестантских, на базе национал–социализма. В этом контексте было создано движение «Немецкие христиане», которые пытались соединить расовые теории национал–социализма и христианство. Они, в частности, поддерживали идеи «позитивного христианства», отрицавшие библейское учение о грехопадении человека. В середине 1930-х годов движение насчитывало около 600 тыс. членов. Между тем такие вероучительные эксперименты кардинально искажали облик и учение христианских церквей, что вызывало протесты верующих. Оппозиция в 1934 г. создала «Исповедующую церковь», которая стремилась утвердить свою верность традиционному христианскому учению. Христиане разных конфессий участвовали в движении Сопротивления как в самой Германии, так и в оккупированных странах.
При этом сами власти Третьего рейха, утверждая национал–социализм как политическую религию, рассматривали «Немецких христиан» лишь как временных попутчиков, которые должны прекратить свое существование одновременно с полным торжеством новой идеологии. Последняя по своей сути была враждебна всем иным религиозным традициям, и ее теоретики вполне отдавали себе в этом отчет, компромиссы же с существующими религиями (а чаще циничное использование их) рассматривали как временную тактическую меру. Так, ими предпринимались попытки использовать авторитет Православной церкви в своих интересах. В 1930-е годы властями Третьего рейха были предприняты попытки создания на базе русских эмигрантских приходов самостоятельной Православной церкви Германии, которая имела бы лидирующее положение среди православных Центральной и Восточной Европы. Речь шла о грубом вмешательстве во внутрицерковные дела, поскольку предполагалась безоговорочная «унификация» православных приходов разных юрисдикций — подчинение их одному церковному руководству. С 1937 г. власти перешли к репрессиям против религиозной оппозиции в рейхе. Были арестованы лидеры «Исповедующей церкви» М. Нимеллер, Д. Бонхеффер и др., развернулись преследования католиков и протестантов. Но самой масштабной репрессивной кампанией нацистской Германии, направленной против этноконфессиональной общности стал Холокост — политика по уничтожению еврейского населения Европы.