В сентябре 1939 г. Великобритания объявила Индию воюющей стороной, и ведущие политические партии страны приняли декларации об отношении к войне. Резолюция ИНК осуждала фашизм и объявляла о поддержке военных усилий Британии при условии официального признания английским правительством права Индии на самоопределение. Отказ властей от конгрессистского проекта реорганизации политической власти и усиление репрессивного законодательства на время участия Индии в войне («Закон об обороне Индии») подвели Конгресс, оказавшийся в сложном положении необходимости одновременной борьбы против фашизма и против метрополии, ставшей участницей антигитлеровской коалиции, к идее обращения к методам гражданского несотрудничества. В октябре 1940 г. Ганди объявил о начале новой кампании гражданского неповиновения. Возобновление кампании и активизация антибританской деятельности ИНК привели к массовым арестам конгрессистов и запрету этой организации в августе 1942 г., вызвавшим волну антиколониального протеста по всей стране — так называемую «Августовскую революцию 1942 г.». Лишь в 1944 г. Конгресс возобновил свою деятельность. Внутри ИНК также не было единства. Покинувший Конгресс перед войной С. Ч. Бос и созданная им организация «Форвард блок» в целях ускорения свержения британского колониального господства пошли на союз с державами «оси», основав из пленных индийцев и эмигрантов Индийский легион в Германии и, с помощью милитаристской Японии, Индийскую национальную армию на территории Юго–Восточной Азии из представителей индийской диаспоры.
Конгрессистская сатьяграха времен Второй мировой войны не нашла поддержки у других политических сил Индии, прежде всего у МЛ, а также ХМС, выступивших против курса ИНК. В марте 1940 г. в Лахоре состоялась 27 сессия Лиги, вошедшая в историю как Пакистанская сессия, поскольку в принятой на ней резолюции основной целью провозглашалось создание самостоятельной государственности мусульман Британской Индии. Превращение идеи образования мусульманской государственности в главный лозунг политической борьбы стало началом нового этапа деятельности МЛ. Были разработаны различные проекты выделения из состава Индии территорий, населенных мусульманами, и переселения на них мусульман из преимущественно индусских регионов.
В 1941 г. была создана организация Джамаат-и ислами («Исламское общество»), призванная обеспечить культурное объединение мусульман и распространение исламских ценностей среди членов общины, но не поддержавшая идею создания Пакистана. Ее основатель маулана Абул Ала Маудуди проповедовал идеи исключительности мусульманской общины и возвращения ей тех позиций в Южной Азии, которыми она владела в эпоху Могольской державы. При содействии этой организации в Индии в 1940‑е годы возникли боевые группировки, способствовавшие разжиганию индусско–мусульманской розни. Отрицательно отреагировали на идею создания Пакистана некоторые региональные мусульманские организации, в частности, Юнионистская партия Панджаба, предвидевшая негативные последствия неизбежного раздела своей провинции в случае реализации планов Джинны.
В то время как британские власти запретили ИНК в 1942 г., в том же году они легализовали КПП, выступившую с поддержкой военных усилий Англии как действенного участника антигитлеровской коалиции. Возникшее противостояние ИНК и КПИ продолжалось как на завершающем этапе борьбы за независимость, так и в первое десятилетие независимого развития.
В 1942 г. начала свою работу миссия С. Криппса. Согласно ее предложениям, английская сторона обязалась предоставить своей колонии статус доминиона сразу же после окончания войны. Серия переговоров 1944-1945 гг. между представителями политических партий Индии при участии британской колониальной администрации не привела к единому решению о принципах будущего государственного устройства страны. Конгресс давал согласие на образование Пакистана при решении этого вопроса путем плебисцита после предоставления стране независимости, Лига же настаивала на признании Конгрессом идеи образования Пакистана до достижения суверенитета. В 1945 г. в Индию была направлена английская правительственная делегация во главе с министром по делам Индии Петик–Лоуренсом для разработки конституционного механизма передачи власти индийцам в соответствии с политикой лейбористского правительства К. Эттли.