В 1998 году Медведев стал представителем «Илима» в Совете директоров ОАО «Братский лесопромышленный комплекс». Журнал «Профиль» так описывает историю становления фирмы «Илим палп энтерпрайз»: «Партнеры Медведева по бизнесу особой чистоплотностью в ведении дел не отличались. Осенью 1999 года, осознав, что дело неуклонно идет к неприятному судебному разбирательству, Медведев спешно покинул ряды руководства „Илима“ и вышел из состава учредителей фирмы „Финцелл“. Как раз в тот момент, когда государство начало проверку законности ряда приватизационных проектов „Илима“». Речь идет об аудиторской проверке, проведенной Счетной палатой. В 2000 г. был опубликован ее отчет о рейдерских захватах, в частности Котласского целлюлозно-бумажного комбината, осуществленных владельцами «Илим Палпа». Аудиторы Счетной палаты признали «по результатам проверки законности продажи Российским фондом федерального имущества в 1994 году пакета акций Котласского целлюлозно-бумажного комбината закрытому акционерному обществу «Илим Палп энтерпрайз» и реализации инвестиционной программы указанным обществом», что приватизация этого комбината была незаконной (Бюллетень Счетной палаты № 7, 2000 г.). Следствие к тому же начало раскручивать целую серию убийств, которые сопровождали рейдерские захваты «Илима». Назревал не просто скандал. Запахло нарами. Медведев к этому времени, однако, Питер покинул. Путин, его партнер по питерскому тандему с маркой КВС, к тому времени уже стал кремлевским резидентом и председателем Правительства Российской Федерации.
Сегодня «Илим Палп энтерпрайз» — это один из гигантов российского (и мирового) лесопромышленного бизнеса. После перехода в администрацию президента в 1999 году Медведев официально ушел из «Илима», но, как утверждает политолог Станислав Белковский, до самого последнего времени контролировал значительный пакет акций этой корпорации. Своих компаньонов по распилу российских лесов он, однако, не забывал. Как только он стал замом главы кремлевской администрации, дело «Илим Палп» тихо сошло на нет, несмотря на героические усилия тогдашнего главы Счетной Палаты Сергея Степашина.
По словам политолога Белковского,
Вся собственность «Илим Палпа», полученная за счет криминальных рейдерских захватов, осталась в руках Смушкина и братьев Зингаревичей. А собственность немалая. В 2007 году предприятия «Илима» выпустили 1,6 млн. т. товарной целлюлозы, 755 700 т. картона и 258 800 т. бумаги. Объем собственной заготовки древесины за этот период составил 7,1 млн. куб. м. Общая численность персонала — свыше 20 тысяч человек. Оборот группы в 2007 году составил 19 млрд. руб., чистая прибыль — 3 млрд. руб. Выручка в 2007 году по МСФО составила $1,805 млрд. По подсчетам «Профиля» состояние Медведева к этому моменту могло бы составить около одного миллиарда долларов, если бы он оставался в руководстве концерна. Но в списке официальных владельцев «Илим Палп» его нет.