Его протестантские симпатии не стоит преувеличивать — альманах на 1563 год, законченный в мае, был посвящен папскому легату Авиньона Франсуа Фабрису де Сербеллону, который как раз в это время готовил карательный поход против гугенотов, захвативших Оранж.
В июне католики уже занимали этот город, но протестанты снова отбили его и угрожали самому Авиньону. Однако в начале сентября католическая армия овладела крепостью Систерон, которую называли «ключом к Провансу», что вызвало бегство гугенотов. 8 сентября Сербеллон снова занял Оранж и отправил вождя местных протестантов Перрена Парпаля в Авиньон, где тот был казнен на глав ной площади. По всей области снова прокатилась волн; расправ над протестантами, которых изгоняли из города а их дома сжигали. Нострадамус в письме возмущался этим: «Какое чудовищное варварство, направленное против христиан! Мы живем в мерзкие времена, и грядут еще худшие; как бы я хотел не видеть этого!» В предисловие к альманаху он писал о величии разума, позволяющего проникнуть в тайны природы: «Нет ничего приятнее чем овладеть наукой о высших предметах, узнать, как зарождаются ветры, где берут начало дождь и град, откуда происходят небесные вспышки и грозы, почему бывает молния».
Между тем французы продолжали свято верить его пророчествам, и порой эта вера оказывалась роковой. В июне 1652 года католики штурмовали городок Лиму, где засели протестанты; один из них, капитан Пен, смело бросился к крепостной стене и тут же был сражен нулей. Мемуарист ла Поплиньер пишет, что погибший вычитал в альманахе Нострадамуса, что в таком-то месяце сто ждет успех, если он достойно проявит себя. Ла Поплиньер осудил его легковерие: «Как можно верить предсказаниям астрологов и некромантов, не ведая того что лишь одному Богу оставлено предвидение будущего!» Но Нострадамус вряд ли виновен в том, что молодой честолюбец вычитал в его туманном, как всегда, тексте рекомендацию лезть под пули, не проявляя должной осторожности.
В марте пророк познакомился в Авиньоне с адвокатом Франсуа Бераром, ярым поклонником алхимии и астрологии. Тот вручил ему кольцо, которое считал магическим, чтобы Нострадамус изучил его. В августе Берар снова написал ему и пригласил в гости, предлагая деньги и помощь в работе. Астролог, всегда бывший человеком практичным, отправился вместе с сыном в Авиньон, где они оказались свидетелями повешения несчастного Парпаля (о чем пишет Сезар). Другие подробности пребывания Нострадамуса в папском городе неизвестны, но сохранилось его письмо к Берару, написанное на латыни. Оно проливает свет на отношение пророка к алхимии, которую он осуждал в своих сочинениях; на самом деле он уделял этой науке много внимания и даже составил свой рецепт знаменитого «эликсира жизни», способного превратить неблагородные металлы в золото. В отличие от многих алхимиков, он не скрывал этот рецепт, излагая его в письме не слишком близкому знакомому. Правда, в зашифрованном виде акростиха, первые буквы строк которого образуют слово NOSTRADAMES. Для получения «жидкого золота» следовало поместить в реторту очищенное серебро, руды, содержащие цинк и медь, миртовое масло, молибденовые опилки и серу. Затем все это нагревать на сильном огне, а в качестве топлива использовать исключительно виноградную лозу. Полученный эликсир предлагалось пить мелкими дозами для продления жизни. А. Пензенский предполагает, что в результате этого процесса получались блестящие крупинки оксидов цинка и меди, действительно напоминающие золото.
Альманах на 1563 год был отпечатан в сентябре в Авиньоне — Лион, где пророк обычно издавал свои книги, захватили протестанты, и деловая активность в нем замерла. Возможно, что гугеноты, считавшие астрологию одним из проявлений ненавистного им суеверия, просто не позволили бы выпустить книгу главного представителя этой науки. Их отношение к Нострадамусу проявилось в ряде памфлетов, вышедших как раз в то время. Осенью 1562 года кальвинист Конрад Бадий обвинил его всего лишь в плохом качестве стихов. За этим последовали более серьезные обвинения: в следующем году два анонимных памфлета обрушились на Ронсара, хвалившего Нострадамуса, рикошетом ударив и по самому астрологу, обвиненному — уже привычно — в служении сатане. Один из этих пасквилей предостерегал королеву-мать от веры в вымыслы «проклятого Нострадама», которые распространяет «безумный Ронсар». Странно, что протестанты обращаются с жалобой к Екатерине Медичи, ревностной католичке; возможно, ее хотели скомпрометировать связью с Нострадамусом, о которой в то время твердила молва.