Тщательно проанализировав информацию, доставленную из Парижа майором Амирамом Левиным и генералом запаса Рехавамом (Ганди) Зеэви, все участники планирования операции пришли к единому выводу: «Сайерет Маткаль» в Энтеббе будут противостоять не только террористы, но и угандийская армия. Израильскому спецназу требовалось значительное подкрепление, чтобы сконцентрировать все усилия только на освобождении заложников. Заместитель начальника Генштаба генерал Кути Адам поручил командующему силами ВДВ Израиля бригадному генералу Дану Шомрону лично возглавить операцию и доработать ее с условием подключения к антитеррористическому десанту других элитных спецподразделений. Его заместителем был назначен полковник Эхуд Барак, а командиром штурмового отряда, который должен будет непосредственно заняться освобождением заложников, удерживаемых в старом пассажирском терминале, – подполковник Йонатан (Йони) Нетаньяху.
Спустя сутки на специальном заседании под председательством министра обороны Шимона Переса командующий ВДВ Израиля бригадный генерал Дан Шомрон впервые изложил членам правительства и начальнику Генштаба детальный план антитеррористической операции:
В ночь с 3 на 4 июля 1976 года четыре военно-транспортных самолета класса «Геркулес» произведут наземную высадку десанта в угандийском аэропорту Энтеббе. Сотрудникам «Моссада» известно о том, что в субботу 3 июля ровно в 23:00 в Энтеббе запланировано прибытие британского транспортного самолета, благодаря чему появится возможность посадить израильские «Геркулесы» в ночных условиях. После того как британский самолет пойдет на снижение, в угандийском небе появятся четыре военно-транспортных самолета ВВС Израиля. Первый борт, согласно разработанному плану, «зависнет на хвосте» британского грузового самолета и совершит вместе с ним посадку, воспользовавшись взлетно-посадочными сигнальными огнями, предназначенными для «британца». Таким образом, первая волна десанта беспрепятственно проникает на территорию аэропорта. Она же и обеспечивает прибытие остальных трех «Геркулесов», которые совершат посадку спустя 7 минут. Не исключена вероятность того, что угандийцы намеренно попытаются погасить взлетно-посадочные огни, в этом случае первая волна десанта должна выложить вдоль взлетно-посадочной полосы сигнальные фонари и факелы. На всю антитеррористическую операцию, начиная от посадки первого самолета и взлета последнего, отводится ровно 58 минут.