Несмотря на то что Боэций де Бодт действительно был очень широко образован по части драгоценных камней, кристаллов, кораллов и раковин, он разделял ту точку зрения, согласно которой такого рода предметы могут быть использованы в качестве лекарственных средств: он верил, что сапфир помогает при лихорадке, подагре и носовом кровотечении, что топаз предохраняет от безумия, сердолик смягчает «пылкость чувств и отводит злой умысел», а также в больших количествах прописывал лазурит как средство от меланхолии, которой страдал Рудольф. Кусочки кроваво-красной яшмы высоко ценились за их способность останавливать кровь, и Боэций сообщает, что вылечил девушку, страдавшую в течение шести лет кровотечениями, просто приписав ей постоянно носить бусы из яшмы. Если она забывала надеть бусы, кровотечения возвращались, однако со временем, благодаря выполнению предписаний врача, болезнь полностью оставила ее.
Доктор Кристофер Гаринониус умер в сентябре 1601 г., и на его место был приглашен Готфрид Штегиус, врач епископа Юлиуса из Гейдельберга. Его заметили потому, что он стал первым, кто написал работу о целебных свойствах источника в Киссингене. Рудольф очень привязался к этому человеку и заказал своему придворному художнику Эгидию Саделеру сделать портрет Штегиуса.
Врачи, служившие при дворе, получали большое содержание, ведь в то время их профессия ценилась очень высоко. Одетые в длинные шелковые робы, отороченные бархатом, в отделанные мехом плащи, они внушали людям огромное уважение и трепет перед своим таинственным искусством, всем своим видом намекая на причастность к неким запредельным тайнам. Помимо службы при дворе они в основном оказывали услуги знатным дворянам и богатым пражским купцам, в то время как обычные люди находили утешение у шарлатанов, священников, цирюльников и бродяжничающих лекарей, зачастую из-за нехватки средств прибегая лишь к молитве. Огромная армия лже-докторов и чинимые ими безобразия вынудили губернатора Нюрнберга издать декрет, запрещавший практиковать медицину «лекарям-шарлатанам, продавцам териака, алхимикам, разорившимся торговцам, виноделам, евреям, адептам черной магии и старухам, лечащим больных заговором».
Поверхностное изучение состояния медицины XVI в. может открыть глаза на разгул самого грубого невежества, суеверий и лжи. Плиний много лет назад писал, что медицина произошла от магии, укрепилась астрологией и получила весь свой авторитет благодаря религии. Злотворное влияние последней распространилось на все цивилизованные страны и до сих пор является причиной страданий неразвитых народов. Возможно, Эшмол был прав, написав: «Скептицизм был дан миру в наказание», однако доверчивость по сей день является причиной гораздо больших несчастий.
Связь астрологии с медицинской практикой считалась нерасторжимой со времен Галена и Гиппократа. Первый заявлял, что врачи, не основывающие свои рассуждения на астрологии, ничем не лучше обычных убийц, «ибо те далеки от знания физики тела, кто отказывается от истинного учения астрологии, и они не заслуживают называться врачами, а разве что обманщиками. Известно, что болезнь, которую не смог вылечить врач с помощью самых действенных средств, астролог побеждает с помощью простого травяного отвара, примененного согласно расположению звезд». Лекарственные травы собирали лишь в благоприятную фазу луны, дистилляции проводили только при благоприятном расположении планет, а лекарства, полученные подобным образом, пациент должен был принимать также во время, строго определенное звездами. Магические лечебные свойства приписывались не только огромному числу минералов, растений и животных, но и некоторым духовным действиям, и врачи предписывали:
Некоторое представление о медицинской практике XVI в. можно получить, узнав о методах лечения всего одной болезни — эпилепсии, которая до сих пор ставит немало вопросов перед современными учеными. Для предотвращения приступов больным предписывалось носить кольца, сделанные из различных материалов. Например, кольцо, изготовленное из трех гвоздей, каковыми заколачивали гроб, или из серебряных монет, взятых у пяти холостяков, и выплавленное ювелиром-холостяком, что считалось особенно эффективным. Также рекомендовалось копыто лося, однако многое зависело от того, каким образом было добыто это копыто, поскольку целебная сила содержится лишь в одной из четырех ног животного. Животное сбивали с ног и смотрели, как оно встанет и какую ногу поднимет первой, чтобы почесать ухо. Эту ногу тотчас отсекали саблей, и копыто с нее использовали в качестве лекарства.
Также хорошим средством от падучей болезни, как называли эпилепсию, была молодая лесная поросль.