Суеверия, связанные с животными и растениями, были неисчислимы и совершенно безумны. Мифическое существо — василиск — считалось смертельно опасным для змей и для человека, первых убивая своим испепеляющим дыханием, а второго — просто взглядом. Люди, носившие при себе его черную кровь, могли вызывать благосклонность сильных мира сего и получать баснословные милости, а также были защищены от болезней и от колдовства. В работах авторов тех лет можно найти и многочисленные рассуждения о мандрагоре: «Мандрагора, или альраун, — это очень редкая трава, растущая у подножия виселицы, на которой был вздернут невинный юноша. Тот, кто ищет эту траву, должен знать, что ее корень напоминает человека, а верхняя часть имеет широкие листья и желтые цветы. Когда ее вырывают из земли, она стонет, вопит и рыдает столь горестно, что совершивший это тотчас умирает. Чтобы найти ее, нужно выйти из дому в пятницу до рассвета, заткнув уши ватой, воском или смолой, и взять с собой черную собаку без единого белого волоска. Над мандрагорой следует три раза совершить крестное знамение, а затем подкопать вокруг нее землю — осторожно, так, чтобы она осталась держаться в почве лишь тоненькими корешками. Затем с помощью струны нужно привязать ее к хвосту собаки и поманить собаку куском мяса. Она вытащит мандрагору из земли, однако тотчас упадет замертво, оглушенная страшным криком растения. Затем нужно отнести мандрагору домой, вымыть в красном вине, завернуть в красный и белый шелк, положить в гроб, затем мыть ее в вине каждую пятницу и нарядить в белое платьице. Своему обладателю она откроет скрытое и предскажет будущее, а также обеспечит ему дружбу всякого человека. Если положить рядом с ней серебряную монету вечером, то к утру найдешь две монеты, однако же монета не должна быть слишком велика по размеру. Если ты покупаешь мандрагору, она остается у тебя, бросай ее где угодно, но не забывай о ней и продай ее кому-нибудь еще, потому что если она останется при тебе до твоей смерти, ты отправишься вместе с ней в ад. Помни, что она может быть продана лишь по цене ниже той, за которую была приобретена, а потому тот, кто купит ее за самую мелкую монету, потеряет свою душу навеки».
Это и многие другие суеверия оказывали на людей весьма скверное влияние, делая их робкими и подозрительными к соседям и друзьям, но все это можно было бы назвать невинными шутками в сравнении с чудовищными жестокостями, совершавшимися из-за глубоко укоренившейся веры в ведьмовство. Поддержанные высшим авторитетом церкви в лице папы Иоанна XXII, с дьявольской скрупулезностью систематизированные монахом Шпенглером и его собратьями в жутком «Malleus Maleficarum», или «Молоте ведьм», представления эти служили причиной жутких процессов в городах и деревнях, в результате которых десятки и сотни несчастных становились жертвами неописуемых пыток и казней. Женщин, считавшихся «наиболее жадными до тайных знаний», в особенности часто преследовали по обвинению в колдовстве.
Даже придворные Рудольфа не были защищены от преследований инквизиторов и охотников за ведьмами, и двое из них были обвинены в черной магии и попытках навести порчу на его величество. В 1611 г. на императорского капеллана донесли, будто он назвал свою собаку Матиасом в честь брата императора, который в то время искал способ занять трон. Доложили, что собака должна была быть убита, и что в миг ее смерти та же страшная судьба постигла бы и правящего монарха. Вторым, обвиненным в ведьмовстве, был алхимик по имени Хаузер, ассистировавший Рудольфу в некромантии. Его обвинили в том, что он украл носовой платок императора из прачечной, и с помощью него вредил его величеству, причиняя ему страдания. Дела двух этих людей продолжались в течение нескольких месяцев, Хаузера пытали на дыбе, и, хотя он доказал свою невиновность, судья приговорил его к большому штрафу и изгнанию из Богемии.
В начале XVII в. ушей Рудольфа достигли слухи о действиях его брата Матиаса, который начал проявлять политическую активность, готовясь захватить власть. Матиас водил дружбу со злейшими врагами Рудольфа, и его начали всё чаще упоминать как возможного претендента на корону. Тайные советники Рудольфа не могли или не желали дать императору нужного совета, и он решил сам узнать будущее, обратившись к предсказателям судьбы, служившим у него при дворе. Те на его вопросы отвечали такими пророчествами: «Следуй тому, что достойно», или же присказкой: «Не радуйся, когда Фортуна улыбнется, и не грусти, когда нахмурится она».