Зараженный слепым фанатизмом и ненавистью к свободе воли и мысли, Рудольф вскоре после начала своего правления начал издавать законы, лишавшие протестантов их законных прав, закрывать протестантские школы и церкви, лишать министров-протестантов должностей, даруя при этом привилегии исключительно католикам. Таковые эдикты отравляли жизнь лучшим представителям дворянства, вскоре возненавидевшим деспотичного правителя.
Религиозные распри и взаимная ненависть, едва начавшие затихать, вновь вырвались наружу, и иезуиты, смелевшие всё больше за счет данной им власти, заставили Рудольфа еще сильнее урезать свободы протестантов, в результате чего он потерял доверие своих лучших подданных, а также посеял раздоры и зависть среди представителей всех классов. Более того, междоусобицы между лютеранами и кальвинистами в свою очередь раскололи и протестантов на два противоборствующих лагеря, из чего католики не замедлили извлечь свои выгоды. Орден, созданный Лойолой и боровшийся за возрождение искусств, литературы и наук, привлек Понтануса, одного из приближенных Рудольфа, и тот стал самым рьяным и красноречивым их проповедником. Они вынудили богатого и могущественного Уильяма фон Розенберга организовать школы для бедных, где ученики под влиянием учителей-иезуитов становились приверженцами идей своих наставников.
Главная протестантская секта империи была известна как «Братья» или «Братство». В религиозных коммунах этого ордена люди зарабатывали на жизнь трудом своих рук, все были равны, и даже духовенство было обязано в точности следовать примеру Святого Плотника[76]
. Эта замечательная теория свободы, равенства и братства пошатнулась при присоединении к ордену некоторых богатых и благородных граждан. Их аргументация также была весьма сильна, что привело к расколу в ордене и потере его популярности. Иезуиты, имея огромное влияние на дворянство, способствовали выдворению «еретиков» за пределы государства: лютеранские школы закрывали, свободомыслие было ограничено, а император издал два декрета, запрещавшие издание реформаторской литературы. Были уничтожены все печатные станки, за исключением двух в Оломоуце, а все книги, выходившие в продажу, должны были пройти строжайшую проверку фанатичного цензора.Несмотря на всё это, Рудольф и для иезуитов оказался жестоким разочарованием из-за своего нерешительного характера и всё возраставшего интереса к наукам и искусствам, приведшего его к затворничеству в градчанском замке. Он не мог быть суровым оппонентом протестантов, с удовольствием встречаясь с представителями этой секты и ведя с ними дружеские беседы о своих любимых предметах. Например, он пригласил ко двору Кеплера, который был изгнан из Граца за приверженность идеям Реформации. Среди друзей и соратников Рудольфа также было несколько правителей-протестантов.
Смерть влиятельного Уильяма фон Розенберга в 1592 г. оказалась страшным ударом для партии иезуитов, к тому же покойного сменил племянник, чья жена склонила его присоединиться к Братству. Примерно в то же время Рудольф разжаловал еще одного влиятельного католика, Георга фон Лобковитца, отдав все его владения человеку, слывшему ревностным католиком, однако на деле оказавшемуся дружным с лютеранами.
С годами Рудольф становился всё более подозрительным, его врожденная стеснительность и меланхолия усиливались, превращаясь в болезнь; он стал ипохондриком, был раздражителен и часто впадал в состояния, близкие к безумию. Как сказал один поэт: «Меланхолия — кормилица безумья».
Его шуту никогда не удавалось развеселить его, и чувство юмора, которое у него когда-то было, окончательно его покинуло. Его состояние усугублялось отвращением к каким бы то ни было физическим упражнениям, он всегда оставался флегматичным и никогда не интересовался мужскими видами спорта, разве что теннисом и шахматами, но теперь он отказывался предпринимать даже короткие прогулки и выезды из Праги, хотя посещение отдаленных провинций его обширной империи было политически разумно и умерило бы недовольство его подданных. Он жил в своем ограниченном мирке, не делая ничего для управления подвластным ему обществом, никак не отвечая на появление в нем врагов и недоброжелателей, и все естественные события проходили стороной от его интересов. Он на педели и месяцы откладывал решения государственных проблем, требовавших незамедлительных действий, всё реже посещал своих министров, и, хотя положение обязывало его быть человеком публичным и интересоваться делами общественными, проводил всё время в алхимических штудиях, в занятиях ботаникой и астрологией, а также занимаясь вырезанием деревянных фигур и мебели, рисуя картины маслом и граня драгоценные камни.
Рудольф жил в плену собственных предрассудков, будучи жертвой суеверного страха смерти, который отчасти был следствием пророчества, сделанного Тихо Браге. И император, и его астроном были глубоко потрясены убийством во Франции Генриха III в 1589 г., совершенным монахом Жаком Клементом, сочтя, что подобная судьба ждет и Рудольфа.