С технической точки зрения химия получила неоценимый дар от Бернара Палисси, знаменитого французского художника по керамике, который умер примерно в то время, когда Рудольф оказывал почести недостойному «Золотому Рыцарю». После двадцати пяти лет изнуряющего труда, «блуждая среди формул, как во мраке», Палисси открыл метод приготовления белой глазури, ставшей основой всех остальных видов глазури, и начал создавать совершенно потрясающую расписную посуду, благодаря которой и прославился. Будучи ревностным приверженцем естественной истории, он изображал на своих вазах и чашах раковины, рыб, рептилий и так далее, передавая свои модели с завораживающей точностью. Он также сделал много, чтобы опровергнуть предрассудки относительно окаменевших раковин, обнаруженных в отложениях третичного периода неподалеку от Парижа. Их считали либо доказательствами Всемирного потопа, либо раковинами, брошенными рыцарями, возвращавшимися из Святой земли, однако Палисси выступил со смелым предположением, что эти останки принадлежат когда-то жившим в этих местах морским животным. Палисси писал свои работы на французском, и они были до того понятны, доступны и вместе с тем глубоки, что последующие поколения высоко их оценили. Его непосредственность в изучении книги естества и скромность в сочетании с уверенностью стали примером для всех, кто посвятил свою работу отделению науки от предрассудков.
Хотя развитие чистой математики и не тормозилось суевериями, равно как и не особенно влияло на них, ее также следует упомянуть, поскольку в конечном итоге достижения математики лежат в основе всей физической науки. Итальянский монах-францисканец Лукас де Борго (также его называли Лука Пачоли), преподававший математику в Неаполе, Венеции и Милане, опубликовал несколько трактатов по арифметике, алгебре и геометрии примерно в середине XVI столетия, оказав существенное влияние на физическую науку. Другой итальянец, Бенедетто, опубликовал в 1585 г. в Турине работу но геометрическому анализу. Примерно в то же время Симон Штевин, или Фландерс, изобрел десятичные дроби, немало обогатив этим арифметику. Алгебра шагнула вперед благодаря гению Джероламо Кардано, а также французскому математику Витте, предложившему использовать буквы алфавита для обозначения известных количеств. Знаки сложения (+) и вычитания (−) впервые появились в математической работе, опубликованной в 1544 г., а знак равенства (=) появился тремя годами позже в работах по алгебре англичанина Роберта Рекорда. Астроном Джон Непер, барон Мерчистонский и Шотландский, изобрел логарифмы, которые стали широко известны много позже, в 1618 г. Работы другого великого гения, Декарта, также обрели признание лишь к середине XVII в.
Основы механики были заложены Джироламо Фраскаторо, Джероламо Кардано и Убальдо дель Монте примерно около 1577 г., однако математическая наука, равно как и физика, во времена Рудольфа находилась в зачаточном состоянии. Трактат по Естественной Магии, написанный молодым Джованни Баптистой Порта в Неаполе в 1560 г., содержал свидетельства того, что его автор успешно экспериментировал в области оптики и сконструировал, основываясь на научных принципах, аппарат, способный производить такие удивительные иллюзии, что их можно было принять за волшебство. Изобретение этого так называемого «волшебного фонаря» часто приписывают Порта, однако ранее его придумал великий мастер искусств Леонардо да Винчи. Трактат Порта, выдержавший несколько изданий, содержит много сведений о линзах и зеркалах самых различных типов, а также подробное описание телескопа. На самом деле, после того, как Галилей усовершенствовал инструмент, известный как «труба Галилея», Порта присвоил себе это открытие. Порта также обязан несколькими открытиями, например, знаниями о свойствах магнитного железняка, венецианскому священнику, политику и ученому Фра Паоло, настоящее имя которого было Петро Сарпи. Сарпи был столь выдающимся исследователем, что сам Галилей называл его своим «учителем», а современники свидетельствовали, что он обладал исчерпывающими знаниями в «еврейском и греческом языках, математике, астрономии, истории, физиологии животных, геометрии, включая конические сечения, магнетизме, ботанике, минералогии, гидравлике, акустике, статике, знал немало об атмосферном давлении, падении и движении объектов в воздухе и в воде, об отражении света от искривленных поверхностей, механике, гражданской и военной архитектуре, медицине, лекарственных травах и анатомии». Он предвосхитил открытие циркуляции крови Гарвесм, а также опередил в открытии некоторых оптических явлений Кеплера. К сожалению, его рукописи были уничтожены пожаром в 1766 г., и сохранившиеся отрывки получили у историков науки лишь запоздалое признание.