Отдельные исследователи полагают, что иоанниты-мандеи образовались в результате сплава различных иудео-христианских, гностических, антитринитарных и баптистских групп, не признававших в Иисусе Христе Сына Божьего, среди которых остатки ессеев, эльхасаиты, симониане, досифеане и даже манихейские диссиденты. Но с последними дело обстоит гораздо сложнее, поскольку мандеизм является первичным по отношению к манихейству. Как уже выше отмечалось, по данным Кёльнского Манихейского Кодекса, общины крестильников-мандеев (βαπτισταί)
существовали в Месене, ставшей истинной колыбелью манихейства, с начала III столетия. Сам основатель новой религии Мани (216–273 или 276 н. э.) происходил из аристократической парфянской семьи, исповедовавшей мандеизм, и воспитывался в иоаннитской среде, пока в двенадцатилетнем возрасте не получил откровения свыше, в ходе которого «Царь светлого рая» или ангел-близнец ат-Таум (по-мандейски и сейчас это дмауата – прообраз, пребывающий в мире идей) повелел ему: «Оставь ту общину! Ты не принадлежишь к её приверженцам. Твое дело – выправить обычаи и обуздать наслаждения. Однако из-за твоих малых лет для тебя ещё не пришло время выступать открыто». Согласно «Китаб аль-Фихристу», произведению багдадского книготорговца Ан-Надима, завершенного в 987–988 годах (Глава IX. Книги, относящиеся к доктринам монотеистических верований (манихеев, индуистской, буддийской и китайской), в 240 или 241 году Мани явился ангел и сказал, что настало время открыто заявить о своем учении, после чего он обращает в новую веру всю свою семью. Но какую же новую веру предлагает Мани? Это – прежний, но христианизированный мандеизм, впитавший в себя элементы разноликого квазихристианского гностицизма Египта и Сирии. Сам Мани объявляет себя обетованным Иисусом Христом воплощением Святого Духа или Параклетом. В целом, Мани убрал из мандеизма только вопиющую христофобию и обогатил его учение аскетическими гностическими практиками докетов и энкратитов, доходившими до изуверства. Именно этими способами он и обеспечил потрясающее распространение своей синкретической религии (а на самом деле реинкарнации мандеизма) как на Западе, так и на Востоке. Более тысячи лет манихейство сотрясало основы христианских церквей и оспаривало пальму первенства у христианства: подобно породившему ее мандеизму, которому оно вдохнуло жизненные силы, его завоевания были нацелены на христианские общины, в чем манихейство и преуспело, приобретя в них большое число адептов своей ереси. Ощутив универсальный характер манихейства, к нему устремились все христианизированные гностические секты и течения и, начиная с IV-V века н. э., впору говорить уже о гностико-манихействе как едином феномене, меняющем формы, наименования, но остающемся все с той же сущностью, некогда заданной иоаннитами-мандеями: так древняя змея гностицизма сбрасывает свою старую отжившую кожу, когда под ней уже созреет новая оболочка.