Ситуация изменилась только со смертью в 450 году византийского императора Феодосия II. Императрица Пульхерия не стала поддерживать монофизитов. Новый константинопольский патриарх Анатолий обратился к папе Льву с просьбой содействовать восстановлению церковного порядка. В 451 году в Халкидоне был созван новый Вселенский собор, который осудил монофизитов, низложил патриарха Диоскора. Собор принял догмат о том, что Христос должен проповедоваться «как совершенный Бог и совершенный человек, единосущный Отцу по божеству и единосущный нам по человечеству, пребывающий по воплощению в двух природах неслиянно и нераздельно». Различие двух природ не может устраняться через их соединение, а сохраняется особенность каждой природы при их слиянии в единой ипостаси.
Решения Халкидонского собора не приняла часть верующих в Египте, Армении, Сирии, Эфиопии, Палестине. Вернувшийся из Халкидона монах-монофизит Феодосий поднял в Палестине восстание. Его отряды взяли и разграбили Иерусалим. Императорские войска выбили их из города и Феодосий укрепился на Синае. В Александрии монофизитские отряды загнали гарнизон в бывший храм Сераписа и сожгли его там. Патриарх александрийский Протерий был изгнан. Он вернулся в Александрию с войсками, но в 457 году был убит прямо в церкви. На его место монофизиты поставили антихалкидонца Тимофея Элура.
Император Византии Лев I запросил всех христианских иерархов империи: следует ли утверждать в стране решения Халкидонского собора или нужно договариваться с монофизитами? В 460 году почти все церковные иерархи – полторы тысячи священников – высказались за нерушимость христианских догматов. Тимофей был низложен.
Монофизиты собрались в Сирии, где их вождь Петр Суконщик занял патриарший престол с лозунгом: «Бог был распят!» Он заменил пресвятую молитву «Святый Боже, Святый крепкий, Святый бессмертный», добавив слова «распятый за нас». Новый византийский император Василиск (474–476) принял сторону монофизитов и заставил пятьсот епископов подписать послание против Халкидонского собора. Василиска быстро низложили. Новый император Зенон в 482 году издал объединительный указ инотикон. Результатом псевдопримирения христиан и монофизитов стали сорокалетний разрыв с Западом и восстания на Востоке. Возмущение в империи было настолько велико, что византийские власти решили вернуться к решениям Халкидонского собора. В 1519 году догматы Халкидонского собора были торжественно восстановлены в империи. Все монофизитские иерархи на Востоке были объявлены низложенными.
Монофизиты собрались в Египте. Там единое до этого учение быстро расплось на две секты тленопоклонников и нетленнопризрачников. Дробление происходило и далее. В VIII веке из монофизитов выделились монофелиты («единоволие»). После нескольких церковных смут на VI Вселенском соборе 680 года монофелиты были осуждены.
Павликиане. VII век
Во время правления императора Византии Константа II (641–688) «жил некий армянин по имени Константин в Самосате армянской в селении Мананале».
В 660 году Константин, использовав послания апостола Павла, разработал собственную идеологию, которую стал активно проповедовать. Под давлением византийских властей Константин переехал в крепость Кивоссу. Объявив, что он продолжает дело апостола Павла, Константин назвал себя Сильваном – так звали известного последователя апостола. За тридцать лет проповедования вокруг Сильвана собралось много сторонников. Византийский император послал в Кивоссу отряд воинов во главе со своим придворным Симеоном, чтобы казнить «виновника зла» Сильвана-Константина, а его последователей «исправить».
В 684 году Симеон прибыл в Кивоссу, задержал Константина и приказал его ученикам забросать его камнями. Сторонники Сильвана-Константина «взяли камни и как бы пригнув руки к своему поясу, бросили камни назад, оберегая своего учителя». Симеон сумел уговорить приемного сына Константина убить отца, что сын и сделал.
Последователи Константина-Сильвана раскаиваться не стали. Симеон изучил идеологию Константина и через три года бежал из Константинополя в Кивоссу, где, взяв имя Тита, собрал учеников и последователей Константина и объявил себя его преемником. Движение разрасталось, число единомышленников увеличивалось. Приемный сын Константина, убивший отца камнями, с доносом пришел к наместнику императора. Наместник сообщил обо всем императору Юстиниану, который приказал «расследовать все дело и предать сожжению пребывающих в ереси». Карательный отряд в 695 году прибыл в Кивоссу, захватил руководителей движения-секты и сжег их. Одному из последователей Константина-Сильвана армянину Павлу с сыновьями удалось бежать. От его имени учеников Константина стали называть павликианами.