28 августа 1939 года Карл Мария Виллигут был официально уволен из СС. Что же послужило причиной столь резкого изменения отношения со стороны Гиммлера к своему «наставнику»? Официальная версия гласила, что на стол к рейхсфюреру СС попали документы, в которых подробно рассказывалось о пребывании Впллигута в психиатрической лечебнице. С этой версией можно было бы согласиться, если бы не некоторые документы. Все они содержатся в Федеральном архиве Германия в г. Кобленце. Небольшая папка полностью посвящена расследованию, которое Гиммлер провел в связи с психическим здоровьем Виллигута. Тут и многочисленные допросы медицинского персонала клиники, и объяснительная, написанная лично Впллигутом. Но что странно, под ней нет подписи. А ведь общеизвестно„что Виллигут ставил свой автограф даже на крошечной записке, при этом всегда приписывал свой эсэсовский чин. В этом документе Виллигут говорил, что, прежде чем был доставлен в клинику, он был
Но факт остается фактом — Гиммлер решил отделаться от Виллигута. СС продолжали наблюдать за Виллигутом и в отставке, хотя последние годы его жизни прошли в безвестности и скитаниях по военной Германии. Эльза Балтруш, сотрудник Личного штаба рейхсфюрера СС, была назначена попечительницей Виллигута, и они вместе поселились в Ауфкирхене. Это оказалось слишком далеко для Впллигута, привыкшего к берлинской жизни в гуще событий. В мае 1940 года они отправились в возлюбленный им Гослар. Едва они обосновались в Вердерхофе, как в городе было объявлено о всеобщем медицинском освидетельствовании. Пара перебралась в маленькую гостиницу СС на Вортерзее в Каринции и провела конец войны в Австрии. Затем английские войска выселили его и направили в лагерь св. Иоанна под Вельденом; в это время старик страдал от удара, результатом которого стали частичный паралич и потеря речи. Ему и его компаньонке было позволено вернуться в Зальцбург, в его фамильный дом, но несчастное прошлое делало очевидным для каждого невозможность такого шага. Виллигут хотел вернуться на избранную им родину — в Германию, так что пара направилась к семье Балтруш в Аролзен в декабре 1945 года. Путешествие оказалось слишком тяжелым для старого человека, и по прибытии он слег в больницу. 3 января 1946 года Карл Мария Виллигут умер, последний в своем таинственном роду.