Убедившись в непримиримо твердом настрое Филиппа против опричнины, Иван IV принялся строить планы, как убрать строптивца с митрополичьего двора. По Москве поползли слухи, порочащие главу Церкви. Однако народ не очень-то принимал клеветников. По словам Жития, люди нисколько не отступали от святителя – напротив, «прилеплялись» к нему.
Тогда Иван Васильевич отыскал среди высших иерархов Русской Церкви двух людей, которые согласились помочь ему в изгнании Филиппа с митрополии. Для этого прежде всего следовало «собрать материал», дискредитирующий первоиерарха. При его благочестии подобная задача оказалась совсем не простой.
Итак, на первый план выступает архиепископ Новгородский Пимен. Ему предстояло сыграть неприглядную роль. Что подтолкнуло его к действиям, о которых Церковь вспоминает с печалью? Возможно, тщеславное желание заменить Филиппа на кафедре. Или страх перед свирепым нравом царя, не щадившего последнее время ни правых, ни виноватых. А может быть, исподволь выраставшая в архиерейской среде привычка повиноваться боговенчанному государю, не рассуждая и ни в чем не прекословя… В характере Пимена видят дурное, порочное начало. Но в этом ли всё дело? Перед архиереями стоял выбор: следовать пастырскому долгу или же покоряться долгу подданных, над которыми поставлен помазанник Божий. Объяснив для себя действия Филиппа как непозволительный мятеж, кое-кто из них пошел по более удобному пути. По более безопасному. Вероятно, не столько хищные устремления следует видеть в Пимене, сколько слабость воли, нежелание до конца стоять в истине. Повиноваться православному государю естественно для православного иерарха. Почти всегда. Но порой возникают обстоятельства, когда естественное оборачивается противоестественным. Немногим хватает духовной твердости увидеть и признать это.
Молоденький певчий Успенского собора, красавчик, устрашась тяжких угроз, выступил против Филиппа с чудовищным обвинением. Якобы митрополит позвал его к себе среди ночи для беседы о добродетелях. Тогда отрок «пострадал», по его словам, от Филиппа, видел от него противное и «неполезное». В сущности, речь шла о содомии. В чем худшем могли обвинить митрополита после того, как он вступил в духовный поединок с помрачением царской души?!
Услышав такое, вознегодовали епископы на своего митрополита: «Как можешь ты царя утверждать в вере, если сам творишь неистовое?» Особенно старался, угождая Ивану Васильевичу, Пимен. Для кого-то, наверное, обвинения отрока прозвучали как гром среди ясного неба. Их чувства были искренними. Ну а кто-то (в том числе архиепископ Новгородский) и рад был их поддержать, желая мира с царем и готовясь убрать с митрополии человека, мешавшего этому миру. Филипп, наблюдая за суетливыми трепыханиями Пимена, холодно пророчествовал ему: «Тщишься похитить чужой престол, но вскоре из своего извержен будешь!»
«Иконом» Успенского собора Харлампий, зная, что Филиппа стремятся оклеветать, допросил отрока со всей строгостью. Тот со слезами признался: «Меня принудили…»
Епископы, любившие Филиппа, оставили прежнее сомнение и негодование. А у тех, кто занимал позицию Пимена, исчез повод нападать на него. Но и те и другие поняли: дело идет к лишению сана.
Филиппа упрашивали простить певчего. И он отнесся к проступку молодого человека с необыкновенной мягкостью. Обращаясь к несчастному отроку, Филипп сказал: «Пусть будет к тебе милостив Христос, любезный, пусть дарует Он тебе прощение. А ты прости тем, кто научил тебя такому». Не гневаясь на архиереев, глава Церкви молвил им горькие слова: «Знаете ли, возлюбленные, чего ради хотят меня извергнуть и подталкивают к этому царя? Я не простер к ним словес лестных, не ласкал их и не облекал в брачные ризы… Но если об истине умолчу, да не останусь в епископском чине!»
Совершенно ясно: митрополит понимал, что гнев и недоумение высшего духовенства стали результатом интриги, за которой стоят все те же опричные советники Ивана Васильевича. Архиереи были избраны ими на роль орудия для свержения Филиппа. Царь был недоволен и рассержен: первая попытка сбросить Филиппа с митрополии не удалась, напротив, добрая репутация первоиерарха укрепилась. Теперь, где бы ни встречались они с Филиппом, государь обращал к нему «немирные» слова.
Очевидно, попытка очернить Филиппа сопровождалась каким-то церковным собранием, куда съехались русские архиереи. Смысл его не был тайной за семью печатями для современников. И новгородский летописец мог именно к нему приурочить начало «вражды».
Другим архиереем, которого пытались использовать против Филиппа, стал Суздальский владыка Пафнутий. На декабрьском Соборе 1567 года он выступил как противник митрополита. Теперь в нем увидели еще одну фигуру для игры против главы Церкви.