Несколько дней спустя Исидор был послан одним из четырех делегатов и два раза обсуждал с Римским папой другие вероучительные вопросы, которые до сих пор не были обговорены. После смерти патриарха (10 июня), вместе с Виссарионом Никейским и Дорофеем Митиленским, он получил соболезнования Римского папы и снова обсуждал с ним неоговоренные проблемы. Для разбора учения о примате папы и Евхаристии были назначены общие заседания, которые были последними, но и здесь Восток вынужден был капитулировать перед Западом. Архим. Амвросий так пишет об этой дискуссии: «После речи Иоанна Рагузанского выступил с речью Иоанн де Торквемада по вопросу об освящении Свв. Даров. Император просил изъять из "Хартулы" выражение, что освящение Свв. Даров происходит исключительно произношением священником слов Спасителя. Но Торквемада возразил, говоря, что это выражение, будучи необходимым, не может быть изъятым. Исидор Киевский заявил: "Мы и сегодня имеем тот служебник святого Василия Великого и святого Иоанна Златоустого, который мы имели до Раскола, и никогда латиняне не ставили нам это в укор". Далее он присовокупил то суждение, которое кажется соответствующим и мысли св. Марка Эфесского, выраженной им в сочинении об освящении Свв. Даров: "Мы веруем, что слова Спасителя являются 'effectrix' (совершатель, освятитель) Божественных Даров; они являются, так сказать, семенем, которое, собственно говоря, есть 'effectrix' Плода; но как к семени должна быть присовокуплена и иная вещь, чтобы оно принесло плод, так и к словам освящения (евхаристическим словам Спасителя) должна быть присовокуплена последующая за сим молитва (эпиклезис), чтобы в действительности совершить Священный Плод"»[453]
. По мнению Е. Мапелли, это учение вполне согласуется с учением свв. Николая Кавасилы, Симеона Солунского и Марка Эфесского[454].Вопрос о примате Римского папы был препятствием, которое, казалось, заграждало путь к унии, и, как пишет Дж. Джилл, «было общее отчаяние». Исидор, Виссарион и митрополит Митиленский Дорофей, с немногими другими были назначены императором и папой для рассмотрения вопроса. Со стороны папы было сделано несколько уступок. В конце концов греки составили очень дипломатичную формулировку о примате папы: «Касательно главенства (ή άρχή) папы, мы признаем, что он наивысший архиерей и властитель (έπίτροπος), представитель и викарий Христа, пастырь и учитель всех христиан, что он направляет и управляет Церковью Божией, однако без нарушения привилегий и прав восточных патриархов»[455]
. 27 июня Исидор и Дорофей отправились к папе и уговорили его принять эту формулировку и в день апостолов Петра и Павла, 29 июня, провозгласить всему миру о заключении унии.Когда составляли соборное определение о соединении Церквей, митрополит Исидор и Виссарион предложили императору присоединить к соборному акту и отлучение на не принимающих этого соединения, имея в виду, вероятно, свт. Марка, не согласившегося подписать унию. Император на это не пошел[456]
.Роль в заключении унии, которая выпала на долю Исидора Киевского, его близость к императору и папе, наконец, его авторитет среди греческого духовенства, — все это выдвигало его «... после смерти патриарха на первое место и делало его естественным кандидатом на патриарший престол Нового Рима»[457]
. Как свидетельствует Сильвестр Сиропул, не чужд был притязаний на патриарший престол Константинополя и сам Исидор[458]. Но, благодаря «ловкой интриге», устроенной духовником и протосинкеллом Григорием (будущий Константинопольский патриарх Григорий III Мамма), этому не суждено было случиться. Григорий, по мнению А. Я. Шпакова, умел «повлиять на Иоанна» и мечтал «о патриаршем троне для себя». Это избрание Исидора патриархом не осуществилось, «так как известно, что, когда папа настаивал на избрании патриарха во Флоренции, то император, по совету того же Григория, который опасался, что в патриархи будет избран Исидор, отпустил в Венецию нескольких старших митрополитов, и после того объявил папе, что, за отсутствием епископов, нельзя сделать надлежащего избрания в патриархи»[459].