В самой церкви, в пятом боковом приделе (слева от входа), за железной решеткой находится стеклянный реликварий-саркофаг, выполненный в 1677 году в стиле барокко мюнхенским мастером-ювелиром Францем Кесслером. В нем находятся мощи святой мученицы Мундиции Римской (ок. 250), которую в Мюнхене считают первохристианской мученицей. Мощи облачены в мантию, украшены драгоценными камнями. В руке святая держит птичье перо.
Мощи этой святой долгие годы находились в римских катакомбах святой Кириаки, расположенных под современной Сан-Лорендофуори-ле-Мура. Мощи святой Мундиции Римской в 1675 году были перевезены из Рима мюнхенским государственным советником и крупным торговцем Францем Бенедиктом Хегером. Дар церкви Петерскирхе поместили в особый реликварий-саркофаг. В 1804 году эти мощи были закрыты и стали недоступны для посетителей собора, но в 1883 году вновь были выставлены в боковом приделе.
Уже более трех веков почитают в Мюнхене эту святую, которую в народе назвали «покровительницей одиноких женщин». День памяти святой торжественно отмечается в Мюнхене 17 ноября, когда по улицам старого города проходит молчаливая процессия, состоящая в основном из женщин, шепчущих текст особой молитвы, обращенной к Мундиции Римской, и держащих в руках зажженные свечи и пару осенних цветков.
Поклонение святым реликвиям началось на германских землях приблизительно в IV веке, а в Баварии — в VII — VIII веках, в особенности во Фрайзинге, Ашхайме и Мюнхене. Перенесение и собирание реликвий повышало статус храма. В Средневековье место чтимых реликвий было особенно важным для пилигримов, пересекавших баварские земли с целью поклонения святыням. Уже в XVII-XVIII веках за большое количество бесценных христианских реликвий Мюнхен называли в народе «Баварским Римом».
Начало собиранию реликвий было положено еще с момента строительства первых храмов, но после Реформации католические правители Баварии уделяли этому особенное внимание. В Германии к тому времени распространились антикатолические настроения, и многие церкви пострадали от грабителей и вандалов. Ватикан решил пополнить запасы разграбленных приходов и укрепить пошатнувшийся моральный дух паствы.
Вскоре начался настоящий бум. Каждый приход, даже самый крошечный, хотел иметь собственные святые мощи. Богатые семьи приобретали останки для личных часовен, гильдии и братства находились в постоянном поиске нового святого покровителя. Мощи приобретались благодаря личным связям среди приближенных к папскому престолу. Сначала отправлялось прошение. Когда Ватикан выражал готовность расстаться с реликвией, за ней отправлялась группа монахов с деньгами и необходимыми сосудами для переправки мощей.
Святая Мундиция приехала в мюнхенскую Петерскирхе вместе с надгробной плитой. После долгой дороги ее мощи были не в лучшем состоянии, и специально обученные монахини по мере сил подготовили ее скелет для всеобщего обозрения. Мундиция закутана в роскошную ткань, украшенную золотом и драгоценными камнями. Ткань, золото и драгоценности оплатили богатые горожане. Украшенные мощи святой должны были напоминать не только о тщете земного существования, но и о райском блаженстве, которое ждет каждого праведника.
Когда очередного святого или святую наконец выставляли на всеобщее обозрение, в Мюнхене устраивался большой праздник. Город обретал еще одного покровителя. Приходские книги свидетельствуют о том, что первый же ребенок, которого крестили после этого события, получал имя мученика. Иногда до половины детей, родившихся в году обретения мощей, носили одни и те же имена.
Собирание мощей для верующего народа Баварии благословил Папа римский Павел IV (1476-1559), а начало ему было положено в Михаэльскирхе. Сначала они хранились в церковном здании и возведенной в 1569 году рядом с ним главным алтарем Крестовой часовне. Мощи поместили в специально изготовленные напрестольные и настенные реликварии, чтобы паломники имели возможность свободно подойти к ним. Большая коллекция святых мощей «Святыня»
В период Контрреформации в Баварии стали строиться роскошные католические храмы, поражавшие богатством интерьера. В Западной Европе повсеместно создавались новые монашеские ордена, среди них и орден иезуитов, благодаря которому в католической церкви возрос интерес к хранению и почитанию святых мощей. Одно из иезуитских поселений возникло в 1544 году и в Мюнхене, где монахи решили упрочить позиции католицизма. Епископы Рима поддерживали начинания баварских герцогов, направленные против протестантов, а потому щедро передавали Мюнхену мощи христианских святых.