Дворцовый комплекс включает в себя королевские покои, Старую резиденцию и здание для торжественных приемов. Всего в Резиденции 112 залов, среди которых особого внимания заслуживают зал Антиквариум со сводчатым потолком, выполненный в стиле ренессанс, галерея Предков, которую украшает
121 портрет членов династии Виттельсбахов, придворная часовня и личная часовня Максимилиана I.
Антиквариум предназначался для художественных коллекций и личной библиотеки герцога Альбрехта V. Его строительство началось в 1568 году. Спустя тридцать лет герцог Вильгельм V поручил Фридриху Сустрису превратить его в зал для торжественных церемоний (Бальный зал). Зал украшают 300 бюстов (античные оригиналы или их копии) и более 100 изображений городов, замков и крепостей тогдашнего герцогства Бавария.
Под руководством Сустриса к Антиквариуму были пристроены корпуса Гротового двора, в западной части которых герцог Максимилиан I, ставший курфюрстом в 1623 году, велел соорудить Богатую часовню, место для богослужений. Большая галерея Антиквариума — самый длинный сводчатый зал в Северной Европе. Вдоль его стен выстроилось впечатляющее собрание античных скульптур, а потолки и простенки окон украшены фресками в стиле гротеск, имитирующими фрески садов Нерона в Древнем Риме. Среди фантастических зверей и растительных орнаментов, присущих этому стилю, скрывается более ста изображений баварских городов, написанных в 1588-1596 годах.
В 1730 году Франсуа Кювилье-старший создал Зеленую галерею и Богатую комнату (под руководством Йозефа Эффнера), которые по отделке, живописному убранству и меблировке считаются шедеврами рококо.
Под Богатой комнатой находится Галерея предков, насчитывающая 121 портрет баварских правителей. Середину Гротового двора украшает фонтан Персея из бронзового литья (около 1590 года), окруженный фигурками младенцев-путти и мифическими животными.
Людвиг Шванталер, создавая статуи на портике, представил хозяев в масштабной сцене «Восемь кругов виттельсбахских баварцев». Кленце занимался устройством Тронного зала, базилики с тремя нефами, коринфскими колоннами и хорами, но все его работы, к сожалению, погибли во время войны. В Фестзаалбау четыре просторные комнаты нижнего этажа были украшены восковыми фресками с сюжетами, заимствованными из гомеровской «Одиссеи».
Левые ворота Резиденции ведут в Императорский двор, бывший центр резиденции Максимилиана I, возникшей в основном в 1620-е годы. Западное крыло императорского двора, названное флигелем каменных покоев из-за обилия каменных полов, служило Максимилиану I жилым помещением. Этот флигель с гобеленами и расписными потолками отделан искусной резьбой по дереву и по гипсу. В том же духе украшен и восточный флигель (флигель трирских покоев). Зал Макса-Йозефа (ранее Геркулесов зал) для званых ужинов и торжеств в южном флигеле (на Дамском этаже) приобрел свое убранство в стиле классицизма благодаря Андреасу Гертнеру в 1814-1815 годах.
Дамский этаж ограничивает с северной стороны двор часовни, где находится вход в Государственную нумизматическую коллекцию. Коллекция, появившаяся благодаря страсти герцогов, курфюрстов и королей к собирательству (в том числе старинных и экзотических денег), стала крупнейшим в своем роде собранием в Германии: 2500 предметов на выставке и 250000 в научном хранилище.
Самый красивый из внутренних дворов Резиденции — Брюненхоф, восьмиугольный Фонтанный двор, спроектированный Гансом Крумпером. Посередине Фонтанного двора — знаменитый Виттельсбахский фонтан работы Губерта Герхарда, символически изображающий четыре главные реки Баварии. В середине фонтана — статуя Отто фон Вительсбаха в окружении античных богов. Летом Фонтанный двор служит изысканной декорацией для концертов на открытом воздухе.