В 1899 году был рукоположен в священника. С 1906 года служил в различных католических приходах Германии, Швейцарии, Нидерландах. Во время Первой мировой войны служил капелланом на фронте. В 1916 году, участвуя в битве, был серьезно ранен в ногу, которую из-за опасности гангрены ампутировали. Был награжден орденом «Железный Крест», став первым священником, получившим эту награду.
В 1937 году арестован нацистскими властями и провел шесть месяцев в заключении, после чего отправлен в концентрационный лагерь Заксенхаузен. Был освобожден из него с условием, что он не будет проповедовать христианство. После окончания войны поселился в Мюнхене. Руперт Майер умер 1 ноября 1945 года от инсульта во время служения святой мессы.
Останки Руперта Майера с 1948 года покоятся в зале перед алтарем под простой могильной плитой из красного мрамора. Поверх плиты — букет цветов из латуни. Со временем, когда могила стала местом паломничества, члены Марианской конгрегации ходатайствовали перед Папой римским причислении Майера к лику блаженных.
3 мая 1987 года был причислен к лику блаженных римским Папой Иоанном Павлом II. Его именем названа улица в немецком городе Пуллах.
На правой боковой стенке крипты — бронзовый бюст Руперта Майера, почитаемый верующими и паломниками. Правое плечо бюста отполировано касаниями многих рук. С июля 2008 года за алтарем находится музей Конгрегации. Часть его посвящена Руперту Майеру. Фотографии и документы последовательно показывают этапы его жизненного пути — начал простым гражданином, человеком из народа, затем стал священником-иезуитом, потом — бойцом Сопротивления и наконец — блаженным католической церкви.
Собрание музея рассказывает о благочестии и духовности католической веры. Многие культовые и культурные объекты экспозиции были переданы в дар или приобретены марианцами на протяжении столетий. К ним относятся копия Черной Мадонны из Бельгии, статуэтка маленького монашка-августинца и многие другие. На памятной доске музея увековечены имена щедрых меценатов.
Среди других экспонатов — дарохранительница, чаши, литургические облачения и прочие предметы богослужения.