Не во всем однозначно была настроена и афганская оппозиция. Некоторые ее непримиримые представители предлагали устроить советским войскам при их уходе «кровавую бойню», но они не были поддержаны даже в среде моджахедов. Руководители оппозиции были заинтересованы в быстрейшем уходе советских войск, полагая, что после этого они станут хозяевами положения в стране. Поэтому они и не препятствовали выводу советских войск. Хотя были и отдельные стычки. Не обошлось и без потерь, особенно обидные в условиях, когда войска уже покидали Афганистан. В районе Саланга в упор был расстрелян КАМАЗ и его водитель рядовой С. С. Шельтяев. Капитан О. Шишкин и его товарищи по вертолетному экипажу лейтенант П. Кроха и старший лейтенант А. Слушаев погибли за пять дней до окончательного вывода наших войск. До последнего патрона отстреливался трубопроводчик В. Стариков. Всего в течение января и в первой половине февраля 1989 г., когда осуществлялся вывод войск, погибло 39 человек.
На заключительном этапе вывода войск возникли и некоторые другие осложнения. Ввиду того, что Пакистан не выполнял взятых на себя обязательств, а моджахеды не шли на мирное урегулирование, президент Республики Афганистан Наджибулла настаивал на том, чтобы в Кабуле и на основной дороге Кабул — Хайротон временно были оставлены советские войска численностью до 10–15 тыс. человек. С тем, чтобы как-то нейтрализовать шум по этому поводу, предлагалось именовать их «добровольцами».
10 января 1988 г. во время посещения Кабула Э. Шеварднадзе и В. Крючковым под нажимом Наджибуллы было даже выработано предложение об оставлении в Афганистане части советских войск и командующему 40-й армии отдано предварительное распоряжение о приостановлении вывода войск. Однако на заседании Политбюро ЦК КПСС это предложение не было утверждено. И такое решение в той обстановке было единственно верным. Повторимся еще раз: с точки зрения политической не имеет особого значения сколько иностранных войск остается на территории другого государства. Принципиальное значение имеет то, что они там остаются. Женевские соглашения надо было выполнять. Это было нецелесообразным и с военной точки зрения. Наши оставшиеся воинские части в Афганистане могли подвергнуться массированным нападениям моджахедов и оказаться в трудном положении. Для их поддержки и оказания помощи в критические моменты пришлось бы направлять на территорию Афганистана дополнительные войска. В результате война с участием советских войск продолжалась бы, но в значительно худших условиях, чем до их вывода из Афганистана.
За несколько месяцев до вывода наших войск из этой страны в основном по инициативе командования 40-й армии, командиров соединений и частей практически прекратились боевые действия и активизировались контакты с полевыми командирами моджахедов и местным населением. Советские командиры проводили встречи со старейшинами близ лежащих кишлаков, разрешали населению свободно передвигаться, проводить хозяйственные работы, помогали топливом и продуктами. Наметились некоторые позитивные подвижки и в налаживании контактов представителей советского командования с Ахмат Шахом. Во всяком случае он шел на переговоры. Эти меры способствовали беспрепятственному выводу советских войск.
Казалось бы, все это делается в русле осуществления политики национального примирения и должно устраивать руководство республики Афганистан. Но дело осложнялось тем, что моджахеды не хотели идти на контакты с правительственными войсками или, когда на это шли, то не во имя примирения, а с целью переманивания их на свою сторону. Получалось еще более резкое противопоставление моджахедам правительственных войск, которые к тому же оставались без поддержки советских войск, к которой они так привыкли.