На октябрьском пленуме ЦК КП Азербайджана в 1982 г. Гейдар Алиев говорил: «…во многих отраслях индустрии мы еще не полностью используем имеющиеся возможности, и наша задача заключается в том, чтобы их целиком поставить на службу интересам народа, обеспечить дальнейшую интенсификацию промышленного производства».
В тот год, будучи избранным членом Политбюро ЦК КПСС и назначенным на ответственный пост первого заместителя Председателя Совета Министров СССР, Гейдар Алиев уезжает в Москву. Он курирует важнейшие отрасли: машиностроение и легкую промышленность, транспорт и связь, а также здравоохранение, науку, культуру и образование. При его активном участии была построена Байкало-Амурская магистраль, сыгравшая большую роль в развитии производительных сил Восточной Сибири и Дальнего Востока. Как член Политбюро и один из видных руководителей Советского государства, Гейдар Алиев принимал активное участие в подготовке многих решений Советского правительства, связанных с порученными ему ответственными участками работы, в разработке концептуальных вопросов внешней политики, развития международных связей Советского государства, неоднократно возглавлял делегации в переговорах на высшем уровне в Индии. Югославии. Вьетнаме, Мозамбике, Анголе. Венгрии, Мексике и других странах. Будучи загруженным громадой дел, Гейдар Алиев находил время постоянно интересоваться проблемами родного Азербайджана. Здесь благодаря его непосредственным заботам возводились новые объекты промышленности, в том числе крупнейший в Закавказье птицекомплекс на венгерском оборудовании близ города Сиазан. Вошло в строй немало новых школ, больниц, жилых комплексов как в столице республики, так и в других городах. Гейдар Алиев лично контролировал строительство в Баку грандиозного здания, в котором разместился потом аппарат Президента республики.
Личность Гейдара Алиева, ее масштабы не вписывались в рамки разваливавшегося СССР. На фоне его политического таланта и неутомимой деятельности слишком бросался в глаза тот факт, что среди руководителей высшего эшелона власти было немало никчемных карьеристов и пассивных чиновников. Он мешал им своим умом, трезвостью и независимостью мышления, врожденным чувством ответственности за дело, за судьбы многомиллионного советского народа.
21 октября 1987 г. в знак протеста против разрушительной политики горбачевской команды Гейдар Алиев был вынужден подать в отставку и отойти от активной политической деятельности. Он сразу же оказался в полнейшей изоляции, фактически под домашним арестом. Ему не разрешали вернуться на родину, полагая, что это может быть чревато нежелательными последствиями.
Гейдар Алиев находился под неусыпным контролем КГБ, прослушивались все его телефонные разговоры.
После отставки Алиева в Ереване был поднят карабахский вопрос – о присоединении Нагорно-Карабахской автономной области Азербайджана к Армении. Вслед за этим начался процесс массового изгнания азербайджанцев с их исконных земель, последовала этническая чистка в Нагорном Карабахе. Совершались массовые нарушения прав человека, азербайджанцев изгоняли из отчих домов, уничтожали.
В результате непродуманной политики решение карабахского вопроса было доведено до катастрофы. 20 января 1990 г. наступил черный час для Азербайджана: в Баку были введены войска. Буквально на следующий день после учиненной здесь бойни Гейдар Алиев, невзирая на опасность для своей жизни, вместе с членами семьи посетил постпредство Азербайджана в Москве и выступил там с гневным заявлением, осудив кровавую расправу. В частности, он сказал: «Руководство Азербайджана, в первую очередь сбежавший в трудную минуту первый секретарь ЦК, должны нести ответственность перед своим народом. Должны нести ответственность и те, кто дал неверную информацию руководству страны. Все виновники должны быть строго наказаны».
Он не мог больше оставаться в Москве. Сердцем он уже был на родине, где решалось будущее Азербайджана. В том же 1990 г. Гейдар Алиев после долгой разлуки наконец возвращается в Баку. Возвращение в Азербайджан носило необычный характер. И в Азербайджане, и в Москве препятствовали его возвращению.
Ему тяжело было и в Баку – он оказался брошенным всеми властными друзьями. В Москве он был под слежкой КГБ, а в Баку Муталибов не подпускал его даже к зданию ЦК. Г. Алиева предупредили, что его жизнь в опасности, и «посоветовали» уехать в Нахичевань.
Пришлось отправиться в Нахичевань. Здесь в родных местах он решил провести остаток своей жизни…