Молитвослов на русском языке

2 апреля 1682 назначен епископом Воронежским, был первым архиереем на вновь учреждённой кафедре. Ранее она входила в состав Рязанской епархии, однако тамошние архиереи не посещали Воронеж и его окрестности, находившиеся на глубокой периферии их обширной епархии. Многие местные жители не испытывали уважения к религии, образовательный уровень пастырей был крайне низок, в регионе было велико влияние старообрядчества, представители которого бежали на тогдашнюю окраину России от гонений. На территории епархии было лишь 182 храма, что не соответствовало её масштабам и постоянно увеличивавшемуся количеству населения. Монастырская жизнь находилась в упадке, во внутреннюю жизнь монастырей часто вмешивались жертвователи-миряне. По словам владыки Митрофана, «у нас место украинское и всякого чину люди обвыкли жить неподвластно, по своей воле» (украинское в данном случае означало окраинное). В бытность владыки Митрофана епископом Воронежским были окончательно определены и расширены границы епархии. Число храмов в епархии увеличилось до 239.

Епископ Митрофан оказывал поддержку Петру I, который организовал в Воронеже корабельную верфь для строительства флота, участвовавшего в походе на Азов в 1696. В своих проповедях он поддерживал это начинание царя, как правящий архиерей, содействовал строительству кораблей, жертвовал крупные суммы на кораблестроение, считал возможным заимствовать с Запада технические знания. Царь, в свою очередь, с уважением относился к святителю, для некоторых воронежских обителей им по ходатайству епископа Митрофана были уменьшены государственные повинности (что было нехарактерно для Петра I, но объяснялось его хорошими отношениями с владыкой).

В то же время активная политика вестернизации различных сторон жизни встречала неприятие со стороны святителя, который не боялся возражать царю, когда речь шла о принципиальных вопросах. В житии святителя описан его конфликт с Петром I во время одной из поездок царя в Воронеж:

Государь пожелал видеть у себя святого Митрофана и велел ему явиться во дворец. Святитель тотчас же отправился к царю пешком. Но, войдя во двор, ведущий ко дворцу, он увидел статуи греческих богов и богинь, поставленные в качестве украшения по царскому приказанию. Святитель сейчас же повернулся и пошёл домой. Об этом доложили императору, который, не зная, почему святой Митрофан возвратился обратно, вторично отправил к нему посланного с приказанием явиться. Но святитель ответил: «Пока государь не прикажет снять идолов, соблазняющих весь народ, я не могу войти в его дворец». Разгневанный такими словами Петр приказал передать святому: «Если он не придёт, то ослушанием предержащей власти подвергнет себя смертной казни». На эту угрозу епископ Митрофан отвечал: «В жизни моей государь властен; но неприлично христианскому государю ставить языческих идолов и тем соблазнять простые сердца».

Конфликт завершился примирением – царь простил епископа и приказал убрать статуи, после чего владыка явился во дворец благодарить государя. В последующем он не изменил своё негативное отношение к европейским обычаям и включил в своё духовное завещание резкое предостережение патриарха Иоакима против сближения с иноземцами. Несмотря на это, он до самой смерти пользовался расположением царя, с которым в последний раз встречался в 1702.

В августе 1703 епископ Митрофан тяжело заболел. 10 августа был пострижен в схиму с именем Макарий, в честь преподобного Макария Унженского, основателя монастыря, в котором был игуменом до своей архиерейской хиротонии. В своём завещании, в частности, писал: «А келейных денег у меня нет… не имам в келии своей ни злата, ни сребра, что дати на воспоминание души моей грешной».