В отличие от тамплиеров госпитальеры блестяще ответили на вызовы изменившихся условий. Родос превратился в гнездо пиратов, греческих, итальянских и сарацинских, эта левантийская Тортуга подрывала христианскую торговлю во всем Эгейском регионе. Сначала братья захватили остров только по этой причине, но удар по тамплиерам потряс их и заставил сделать остров своей новой штаб-квартирой. В 1306 году, после того как шпионы донесли до госпитальеров ужасные вести, магистр Фульк де Вильяре, бывший первый адмирал ордена, отправился в июне на Родос на двух галерах и нескольких транспортных кораблях всего с 35 рыцарями и 500 пешими солдатами. По дороге к нему присоединился генуэзский искатель приключений Виньоло де Виньоли, который привел еще две галеры. Два крупных порта отбили их первый удар, но в ноябре была взята ключевая крепость Филермо, и госпитальеры всерьез осадили Родос. К изгнанному гарнизону присоединились греческие войска, так как византийский император не желал лишиться своего номинального суверенитета, но маленькая армия упорно держалась, и брат Фульк занимал деньги, чтобы набрать новых солдат. Наконец город взяли штурмом, и его защитники бежали в холмы. Видимо, это произошло в начале 1307 года, и через два года туда перевели обитель.
Этот холмистый остров длиной в 70 километров и шириной в 35, разделенный горами, был знаменит идиллическим климатом и плодородной почвой, хотя там не было городов, кроме Родоса, который братья превратили в самую безопасную торговую базу в Леванте с закрытыми гаванями, которые укрепили цепями, заграждениями и дамбами. Египту и анатолийским эмиратам пришлось терпеть бесконечные рейды; они не без причины назвали логово госпитальеров «оплотом адских псов». Обычно перечисляют шесть государств крестоносцев, но Родос вполне может претендовать на роль седьмого.
Широкие реформы коснулись новых морских обязанностей; с 1299 года ранг адмирала стал равным бейлифу, и такое же повышение получил туркопольер, на которого теперь была возложена береговая охрана. Живучесть ордена была не менее эффектной, чем падение его соперников. Угроза со стороны Филиппа IV сыграла роль катализатора структурной революции; еще в XIII веке в ордене наблюдалось зачаточное деление на ланги – языки, то есть группирование по признаку одного языка. Теперь же орден разделился на семь таких лангов, каждый включал в себя семь приорий под началом великого приора и свой собственный оберж (резиденцию): на Родосе, в Провансе, Оверни, Франции, Италии, Испании, Англии (с Ирландией) и Германии (включая Скандинавию и Богемию-Польшу). Из-за большого числа галлов в ордене Франция получила три ланга, а в XV веке испанский ланг разделился на Арагон (с Каталонией и Наваррой) и Кастилию (с Крату, то есть Португалией). На Родосе брат, командующий лангом, хотя и считался ниже великого приора своей нации, был одним из бейлифов и назывался столпом (pilier): ланг Прованса был под началом великого командора, заместителя магистра, управляющего имуществом ордена; Оверни – под началом маршала, старшего военного офицера; Франции – госпитальера; Италии – адмирала; Испании – интенданта; Англия – туркопольера; Германии – великого бейлифа.
В генеральном капитуле участвовали все братья от мастера до самого скромного служащего, но, поскольку его заседания проходили бурно и часто с неповиновением, он собирался все реже и реже. Повседневным управлением занимался совет – кворум старших офицеров, а самым важным конституционным органом был священный совет бейлифов – бейлифа обители, Сирии (номинально, за исключением Армении) и Европы. У Италии было семь приоров, у Пиренейского полуострова – пять (кастелян Ампосты по рангу был приравнен к приору Арагона). У Англии было четверо членов: туркопольер, приоры Англии и Ирландии и командор Игла, называвшийся бейлифом. Все ланги делили между собой сирийские посты и семь кипрских командорий. Чтобы стать бейлифом, нужно было провести на Родосе пятнадцать лет. Высших офицеров отличал более крупный крест, который называли «большим бейлифским крестом», и они получали особо денежные командории – английский приор, например, занимал четыре, не считая Клеркенвелла.