На новом месте принцесса с усердием предалась учебе под руководством Эшема. В сентябре, за два дня до ее пятнадцатилетия, умерла от родов королева Екатерина. По Лондону разнеслись слухи, что адмирал, амбиции которого продолжали расти, вот-вот посватается к Елизавете, и даже Кэт считала это хорошей идеей. Многие верили, что Сеймур уже соблазнил принцессу и именно это ускорило смерть его супруги. Похоже, рыжая чертовка пошла в свою развратницу-мать — яблочко от яблони недалеко падает… Между тем Елизавета, подверженная всем соблазнам молодости, все сильней укреплялась в своем отвращении к браку. Этому способствовало поведение Сеймура, который теперь лицемерно лил слезы над гробом жены, прибрав к рукам ее немалое состояние. Адмирал не скрывал своих притязаний на власть, и Елизавета жила в постоянном страхе того, что он просто вынудит ее выйти за него замуж. Конец наступил в марте 1549-го — Томас Сеймур был арестован по обвинению в заговоре и спустя неделю казнен. Вместе с ним в тюрьме оказались Кэт Эшли и казначей принцессы Перри. Саму Елизавету тоже допрашивали на предмет участия в заговоре, но скоро оправдали.
В октябре 1549 года в Тауэр отправился брат казненного адмирала, протектор Сомерсет. Власть в государстве досталась Роберту Дадли, герцогу Нортумберленду. Этому предшествовало кровавое подавление восстания католиков на западе Англии. Страну опять охватывало религиозное брожение, и обе принцессы не могли остаться в стороне от него. Мария оставалась убежденной католичкой, а воспитанная в протестантском духе Елизавета все больше проявляла себя защитницей новой веры. Юный король Эдуард тоже был протестантом, но почти не вмешивался в дела религии — он все чаще болел, и многие опасались за его жизнь. Летом 1551 года разразилась эпидемия чумы, и короля поспешили отправить в Хэмптон-Корт. Елизавета укрылась в Хэтфилдском дворце, где осталась теперь полновластной хозяйкой. На нее легла забота обо всем громадном хозяйстве — о полях, лесах, сенокосах, о конюшнях и фермах, о старом парке, на деревья которого она лазила ребенком. Теперь ей исполнилось восемнадцать, и она проявила себя рачительной и экономной хозяйкой — лично вела амбарные книги, проверяла счета, раздавала жалованье слугам. Лондон она навещала лишь на Рождество, каждый раз с тревогой наблюдая за ухудшением здоровья короля. В случае его смерти трон займет Мария, которая постарается полной мерой воздать ненавистным протестантам.
Худшие опасения оправдались в мае 1553 года, когда стало ясно, что Эдуард умирает. В преддверии развязки Нортумберленд задумал свою интригу — он женил своего сына Гилфорда Дадли на Джейн Грей, которая могла претендовать на трон как правнучка Генриха VII. Джейн, как и Елизавета, была умна, прилежна в учебе и в полной мере наделена знаменитым тюдоровским упрямством, но ей не хватало железной воли сестры. Под давлением герцога король переписал завещание, лишив Елизавету и Марию престола и оставив его Джейн. 6 июля Эдуард умер, но Мария успела бежать в Саффолк и создала там настоящую армию из католиков и личных врагов клана Дадли. Герцог отправился в поход против нее, но его солдаты разбежались, а Королевский совет перешел на сторону Марии.
Новая королева вступила в Лондон в начале августа, и через несколько дней перед воротами Тауэра появилась голова Нортумберленда на пике. В октябре состоялась торжественная коронация, на которой Елизавета занимала почетное место. Она выражала полную покорность сестре и даже согласилась исполнять католические обряды. Однако новые советники Марии — испанские и имперские посланцы — убеждали, что доверять принцессе нельзя. Что, если она очарует какого-нибудь могущественного вельможу или даже иностранного государя и с его помощью захватит власть? Первое время Мария не особенно верила этим слухам, но заговор протестантов в марте 1554-го изменил ее мнение. Именно тогда Елизавета очутилась в Тауэре.
Судьба хранила принцессу — в то время как десятки людей, включая ее несчастную кузину Джейн Грей, оказались на плахе, а многие протестанты встретили смерть на костре, она отделалась ссылкой в захолустный Вудсток. Правда, в тамошнем сыром климате ее продолжали донимать болезни — опухало тело, лицо покрылось фурункулами, внезапные приступы гнева сменялись слезами. Исполнительный комендант замка Бедингфилд жалел узницу, но строго следовал инструкциям королевы, гласившим: неустанно следить и никуда не выпускать. Приближалась зима, и от холода страдания Елизаветы еще больше усилились. Не раз она обращалась с просьбами к сестре перевести ее в другое место, но Марии было не до того — она недавно вышла замуж за испанского принца Филиппа и от всей души надеялась забеременеть. Будущий ребенок должен был стать надеждой католичества, преградой на пути ненавистной сестры к английскому трону.