Той же осенью Вильгельм вернулся в свое королевство и конфисковал земли восставших. Рожер был освобожден по ходатайству Ланфранка, но не сделал никаких выводов. На Пасху он швырнул в камин дары, посланные ему королем, при этом нелестно высказавшись в адрес «ублюдка». Об этом тут же донесли, и граф закончил жизнь в темнице. Ральф де Вадер бежал к родственникам в Бретань и еще три года совершал набеги на Нормандию, пока не был прощен. Король воспользовался восстанием, чтобы покончить с последним представителем англосаксонской знати — эрлом Вальтеофом. Его безосновательно обвинили в поддержке мятежников и бросили в тюрьму. 31 мая 1076 года Вальтеоф был обезглавлен; многих современников возмутила эта расправа, а английский историк Ордерик Виталий даже считал все последующие неудачи Вильгельма Божьей карой за смерть эрла.
Действительно, с тех пор непобедимый прежде Завоеватель потерпел ряд чувствительных поражений. Его 24-летний сын Роберт, назначенный графом Мена, в 1078 году восстал против отца, был разбит и бежал. После этого произошла единственная известная размолвка короля с кроткой Матильдой. Решив, что сын на чужбине испытывает нужду, она посылала ему деньги и припасы. Вильгельм изловил одного из посланцев королевы, бретонца по имени Самсон, и велел его ослепить, но Матильда ослушалась супруга и освободила верного слугу. Король Франции Филипп дал Роберту пограничный замок Жерберуа. В конце года Вильгельм осадил замок, схватился на поле боя с собственным сыном и был им ранен. После этих шекспировских коллизий произошло примирение, но уже весной Роберт узнал, что его собираются арестовать, бежал и не возвращался до смерти отца. Второй сын короля, Ричард, погиб на охоте в 1075 году, а другой отпрыск, Вильгельм, занимался охотой и пирами и на власть не претендовал. Можно сказать, что трое сыновей короля воплощали в себе разные стороны его характера: Роберт — воинственность и тягу к завоеваниям, Генрих — государственный ум, а жестокий и сластолюбивый Вильгельм — те темные качества, которые не слишком явно проявлялись у Вильгельма, но часто давали о себе знать в его коронованных потомках.
В 1079 году Малькольм Шотландский нарушил мир и разорил Нортумбрию. В ответ военачальники короля вторглись в Шотландию и заложили на границе мощную крепость Ньюкасл, которая вместе с Карлайлом стала цитаделью обороны от набегов с севера. В следующем году восставшие нортумбрийцы убили епископа Даремского Вальхера. Одо из Байё, как обычно, управлявший Англией в отсутствие короля, жестоко отомстил мятежникам, опустошив Берницию так же, как его брат за 12 лет до того Дейру. Этот воинственный прелат и по совместительству граф Кента был по-своему таким же типичным представителем тогдашней церкви, как его антипод Ланфранк. Ученостью он не отличался, зато обожал сражения, охоту и пиры с непристойными шутками и песнями жонглеров. Одо был чрезвычайно горд и властолюбив; постепенно эти качества перешли всякие границы. В 1081 году до Вильгельма дошли слухи, что Одо хочет захватить папский престол и для этого увести из Англии нормандских рыцарей, которым он обещал новые владения в Италии. Вильгельм вызвал брата для разбирательства, но тот отказался явиться. Король для вида смирился, но наступило Рождество 1082 года, и епископ Одо явился в Вестминстер. Закон не разрешал представителям светской власти арестовывать епископов, поэтому Вильгельм сам схватил брата и отвел его в темницу. Одо отбивался и кричал: «Я епископ и слуга Господа, меня нельзя судить без согласия папы!» Король возразил, что арестовал Одо не как епископа, но как графа Кентского и своего вассала. До смерти Вильгельма гордый епископ находился в тюрьме, получая в отличие от прочих узников яства с герцогского стола. Не были отняты и его громадные владения — вторые по величине после королевских.