Оставшихся мятежников принц заочно приговорил к смерти, что вынудило их продолжить сопротивление. Правда, Лондон и другие крупные города сдались сразу; конфисковав имущество их мятежных жителей, Эдуард смог пополнить свою казну. В октябре он взял Дувр и направился в Линкольншир, где Симон-младший с другими лордами укрепился на островке Эксхолм среди болот и разорял округу. Остров был хорошо укреплен, и армия Эдуарда смогла взять его лишь в декабре, когда стал лед. Симона приговорили к изгнанию, но Эдуард помиловал его; однако в феврале следующего года младший Монфор бежал в Уинчелси и поднял на мятеж «Пять портов» — самоуправляющийся союз городов Восточной Англии. Эдуард вновь отправился в поход и 7 марта легко разбил ополчение мятежников. Однако он понимал, что Англия устала от войн, и заключил с «Пятью портами» мир, пообещав простить лидеров восстания.
Однако многие мятежные рыцари разбрелись по стране, организовав разбойничьи шайки, и ради установления мира Эдуарду пришлось еще целый год преследовать их по лесам и болотам. Однажды здоровенный рыцарь Адам Гурдон со своей шайкой подстерег принца во время одной вылазки в Хэмпшире. Эдуард был один, но храбро схватился с разбойником, ранил его и, перебросив через седло, отвез в Виндзор. Легенда гласит, что он простил верзилу Гурдона и тот стал его преданнейшим вассалом. Однако это вряд ли было так — в борьбе за порядок принц проявлял изрядную беспощадность и казнил грабителей, невзирая на их титулы. Между тем в октябре 1265 года в Англию вернулась Элеонора Кастильская, которую Эдуард ради ее безопасности отослал за море. Через девять месяцев она родила принцу первенца, которого назвали Джоном.
Последним оплотом восставших баронов оставался Кенильвортский замок. Принц вместе с отцом осаждали его с середины лета, но мощная крепость не сдавалась, и Эдуард был вынужден 20 декабря заключить почетный мир с ее защитниками и отпустить их восвояси. Одновременно новое восстание вспыхнуло на севере. Джон де Вески, один из участников мятежа, захватил конфискованный у него замок Алнвик и прочие свои земли и сплотил вокруг себя соседних баронов. Однако Эдуард с армией стремительно двинулся на север и без боя сломил мятежников, вернув им часть прежних владений. Там же он встретился с сестрой, шотландской королевой Маргаритой — очевидно, чтобы попрощаться с ней перед путешествием на Восток. Еще в тюрьме он дал обет в случае победы отправиться в крестовый поход, однако с выполнением этого обещания пришлось подождать. Граф Глостер неожиданно восстал и захватил Лондон, осадив в Тауэре папского легата Оттобуони и заставив короля Генриха бежать из столицы. Его соратники захватили «остров» Или среди болот Норфолка, откуда беспокоили набегами весь запад страны.
Глостер, узнав о приближении армии Эдуарда, помирился с королем, и принц бросил все силы против мятежников в Или. Захватить остров было невозможно без помощи местных жителей, знавших тайные тропы среди болот. Обосновавшись в аббатстве Ромси, Эдуард богато одаривал крестьян, пока кто-то из них не согласился играть роль проводника. В один прекрасный день перед ничего не подозревающими повстанцами вырос лес копий армии принца. Эдуард выехал вперед и крикнул: «Кто обнажит оружие против моих людей, будет обезглавлен. Всем остальным — прощение». Подумав, мятежники сдались. Так окончилась «баронская война» — главным образом благодаря военным талантам и благоразумию Эдуарда. В свои 28 лет он смог разбить силы численно превосходящих врагов, восстановить во всем объеме роль королевской власти и разумным сочетанием твердости и уступок заставить большую часть противников сдаться. В стране восстановились мир и порядок. Король все больше отдалялся от власти, предаваясь молитвам и беседам с учеными богословами. Под влиянием папы он запретил турниры как «вредное и опасное занятие», однако осенью 1267 года их было в Англии как никогда много. Во многих турнирах с энтузиазмом участвовал принц Эдуард, открыто попирая запрет отца и показывая, кто теперь хозяин в королевстве.