Генерал иезуитов ежедневно получал множество донесений от провинциалов, ректоров, приоров, своих агентов, действовавших во всех частях света, ученых, писавших сочинения в защиту католической веры. В год смерти Игнатия Лойолы орден насчитывал тысячу членов, сто домов и имел двенадцать провинций – Италию, Португалию, Сицилию, Верхнюю Германию, Нижнюю Германию, Францию, Арагонию, Кастилию, Андалузию, Индию, Эфиопию и Бразилию. В 1556 году в Европе, в Испании, Италии и Португалии были основаны тридцать три школы, в которых обучали всех желающих. В 1555 году первых сто человек выпустила основанная в 1550 году Римская коллегия. В 1580 году она выпустила две тысячи учеников.
Во многих королевских дворах иезуиты были духовниками и советниками монархов и принцев королевской крови, которые также вступали в Общество Иисуса. Выдающийся пятый генерал ордена Клавдий Аквавива написал инструкцию для духовников государей, которая была утверждена общим собранием ордена. В соответствии с ней духовник не имел права оказывать никому явного покровительства и не должен был вмешиваться в дела, подлежащие ведению кабинета министров. Духовник не мог порицать деятельность высших государственных чиновников или делать им замечания от имени своего государя. Эту инструкцию вручали государю, который хотел иметь духовника иезуита.
Общество Иисуса при любом случае активно защищало принцип независимости духовенства для светской власти. Папа Иннокентий IV писал: «Светская власть имеет самое низкое и нечестивое происхождение. Некоторые лица возвысились посредством разбоя и убийства и сделались властителями и тиранами: вот происхождение светской власти. Земные царства достигают легальной формы своего существования лишь тогда, когда их повелители подчиняются духовной власти и получают из ее рук, как легальное достояние, то, что без этого подчинения имело бы характер насильственного захвата».
В послании от 10 октября 1584 года римский папа Григорий в соответствии с желанием, высказанным еще Игнатием Лойолой, объявил, что Общество Иисуса не принимает участия в деятельности инквизиции. Пятая общая конгрегация ордена в 1593 году под страхом отлучения от церкви запретила всем иезуитам предлагать, под каким бы то видом свои услуги инквизиционному трибуналу.
В 1586 году иезуиты появились в Парагвае, где по разрешению испанского короля – владельца этих земель в 1610 году устроили общину – государство.
Каждая парагвайская семья получила земельный надел. Обширные травяные поля, занимавшие большую часть страны, были достоянием всей общины и назывались «владениями божиими», обрабатываемыми всеми членами общины. Собранный урожай складывался в общественные склады, и распределялся всем жителям и даже как пособие всем нуждающимся. Излишек продуктов и ремесленные изделия экспортировались за границу, а получаемый от этой торговли доход шел на общественные нужды. Иезуиты активно обучали местных жителей земледелию, скотоводству, домашнему хозяйству.
Население общины состояло из нескольких сот тысяч человек и было разделено на округа, должностные лица которых выбирались из местных жителей. Самой общиной управляли иезуитские священники. Смертная казнь в Парагвае была отменена. Орден организовал обучение военному делу населения, построил на своих границах линию крепостей и создал довольно значительную армию. Доступ иностранцев в страну был ограничен. Даже испанцы допускались только в свите губернатора провинции и епископа. Орден «хотел сохранить чистоту нравов и ребяческую наивность своих подданных». Кроме этого, иезуиты не хотели раскрывать перед иностранцами механизм своего управления государством.
Французский философ Ш. Монтескье писал: «В Парагвае мы видим пример тех редких учреждений, которые созданы для воспитания народов в духе добродетели и благочестия. Иезуитам ставили в вину их систему управления, но они прославились тем, что орден внушал жителям отдаленных стран религиозные и гуманные понятия. Они задались целью исправить зло, сделанное испанцами, и принялись залечивать одну из кровавых ран человечества». Недоброжелатели ордена обвиняли иезуитов в том, что они «эксплуатировали население и собирали громадные богатства».
В 1750 году по договору, заключенному Испанией и Португалией, большая часть территории Парагвая должна была перейти португальцам. Иезуиты не подчинились, собрали двадцатитысячную армию и в течение трех лет отбивались от объединенных войск двух держав. В 1753 году территория Парагвая была поделена между Испанией и Португалией. Не ушедшие в леса местные жители стали рабами, а с «иезуитами поступили, как с мятежниками».