В герб, печать и знамя – штандарт Ордена было включено изображение белого восьмиконечного креста на красном поле, символизировавшее целомудрие членов ордена и восемь добродетелей, ожидавших праведников в раю. В 1130 году знамя ордена, на котором был вышит белый восьмиконечный крест на красном фоне, утвердил римский папа Иннокентий II. На орденской печати был изображен лежащий больной с крестом в изголовье и со свечой в ногах. Четыре направления креста говорили о главных христианских добродетелях – благоразумии, справедливости, силе духа и воздержании, а восемь его концов означали восемь благ, которые были обещаны Господом всем праведникам в раю в Нагорной проповеди.
В 1124 году с помощью иоаннитских рыцарей была снята осада с Яффы, главного порта Иерусалимского королевства, и взят Тир, богатейший город Восточного Средиземноморья. В 1136 году граф Раймунд Трипольский поручил иоаннитам оборону крепости Бетгемлин, прикрывавшей подступы к портовому городу Аскалон на юге Палестины. Рыцари успешно выдержали осаду и граф Раймунд передал иоаннитам еще несколько своих крепостей. Вскоре иоанниты по всему Востоку имели десятки укрепленных замков. Свои крепости они строили на возвышенных местах, где они доминировали над местностью, позволяя контролировать всю прилегающую территорию. В своих крепостях рыцари – иоанниты почти всегда строили вторую линию укреплений.
Во многих приморских городах Востока, Византии, Западной Европы действовали госпитали иоаннитов. Паломники обеспечивались лечением, жильем, едой, кораблями и охраной для путешествия к Святым местам. Иоанниты хоронили умерших, попгали освобождать крестоносцев из плена. Иоаннитские крепости располагались на всех дорогах паломников в Акре, Сайе, Тортозе, Антиохи, от Эдессы до Синая. Одной из главных задач ордена госпитальеров стала оборона государств крестоносцев, созданных на Востоке.
Главными крепостями иоаннитов стали Крак де Шевалье и Маргат. Крак де Шевалье, находящаяся на склоне Ливанских гор, имела построенные рыцарями мощные двойные стены с высокими башнями и рвом, пробитым в скалах. Внутри крепости на площади в три гектара стояли жилые здания, казармы, дворец Великого Магистра, мельница, амбары для зерна, пекарня, маслобойня, конюшни. В крепость был проложен акведук, по которому постоянно поступала питьевая вода, достаточная для двухтысячного гарнизона. Крепость Маргат располагалась к югу от Антиохии, в тридцати пяти километрах от моря. Крепость была построена их скального базальта с двойными стенами и большими башнями. Внутри Маргата находилось большое подземное водохранилище, а запасы крепости позволяли тысячному гарнизону выдержать пятилетнюю осаду. Сотни иоаннитских рыцарей охраняли десятки крепостей.
Орденским рыцарем мог стать только потомственный дворянин. Во время обряда принятия в Орден братья – рыцари давали присягу на верность великому магистру, обеты целомудрия, личной бедности, повиновения, милосердия и благочестивых деяний. «рыцари по справедливости» – «Cavalieri di giustizia» – должны были иметь от восьми до шестнадцати поколений предков благородной крови. Только они занимали все орденские должности. «Рыцарями из милости» – «cavalieri di grazzia» – были братья, принятые в рыцари в виде исключения за военные подвиги без доказательств своего происхождения, или происходившие от отцов – дворян и матерей – горожанок. Позднее в Ордене появились так называемые «рыцари благочестия» – «chevaliers de dewotion», которые не принимали монашеских обетов. Братья – священники, капелланы, заведовали духовными и религиозными делами Ордена. Орденские служащие делились на оруженосцев – «serventi d’arme» и служащих по хозяйству – «serventi di staggio». Первые пять лет рыцари ели за общим столом, получая в день четыреста грамм мяса, кружку вина, шесть хлебцев. В посты мясо заменяли рыбой.
К середине XII века Орден иоаннитов представлял собой грозную военную и экономическую силу на Востоке и постепенно превратился в настоящее суверенное государство, управляемое собственными выборными магистрами.
Римские папы постоянно давали привилегии иоаннитам, дав им право собирать в свою пользу церковную десятину и подчинив их непосредственно себе. В 1143 году папа Иннокентий II издал специальную буллу, по которой Орден иоаннитов не подчинялся никому, кроме него. В 1153 году папа Анастасий IV буллой «Christianae Fidei Religio» разделил членов Ордена на рыцарей, одевавшихся в малиновую одежду и черный плащ и оруженосцев. В 1259 году была окончательно утверждена иерархия Ордена, которому давали привилегии папы Адриан IV, Александр III, Иннокентий III. Папа Климент IV присвоил главе Ордена титул: «Великий Магистр святого Госпиталя Иерусалимского и Настоятеля Рати Христовой».