Изменился и состав ордена. Вместе с ростом его популярности нахлынуло много лиц, ещё не рассчитавших своих сил, лиц, для которых жизнь минорита была тяжела. Верные заветам учителя, францисканцы и сам Франциск не могли ассимилировать быстро увеличивающейся массы братьев, тем более что посты министров были заняты в значительной части людьми новыми. Результатом этого было понижение строгости жизни в ордене, вызываемое среднею массою братьев, готовой на всякие послабления и не понимавшей их непримиримости с идеалом Франциска, который и в смягченном виде казался новым и строгим. Мысль Франциска воспринималась и понималась не до конца и, во всяком случае, иначе, чем понимал её он сам. Поэтому возможным было торжество в ордене течения, иначе понявшего миноритский идеал, чем Франциск. А такое течение существовало. В орден вступали люди образованные, клирики. Они искренно увлекались новым идеалом, предпосылки которого, как показано выше, были в самой Церкви, но они органически не могли понять его иначе, чем в рамках традиции. Зато лучше, чем Франциск, понимали они ту пользу, какую орден мог принести Церкви, ещё угрожаемой ересью. Чтобы спасти Церковь, надо было бороться с катарами и вальденсами, надо было удерживать своею проповедью в лоне Церкви колеблющихся христиан. И для того, и для другого необходимо было образование, и с тех пор, как минориты утвердились в Болонье и Париже, нельзя было дозволять проповедовать таким неучам, как Франциск. «Божий дурачок» не понимал этого. Ему казалось, что достаточно верить в Бога, достаточно с верою громко прочитать псалом, чтобы проповедь принесла свои плоды. Франциск по свойству своей религиозности стремился к моральному воздействию на массы и не видел нужды выходить за пределы одобренной Папою Иннокентием III «проповеди покаяния», устраивать учёные диспуты. Вера для него была делом сердца, а не делом ума, и, относясь с полным уважением к богословам и учёным братьям, он думал, что ученость может принести пользу лишь тогда, когда сопровождается пламенною верою сердца. Ученость, к которой стремятся во имя самолюбия или ради её самой, казалась ему опаснейшим соблазном, бесполезным для брата минорита и его миссии. Подобные убеждения святого могли вызвать только улыбку сожаления у его учёных противников. Убедить их святой не мог, как и сам не мог поддаться их убеждениям. Учёным братьям было совершенно ясно, что для успеха проповеди нужна была ученость. Для учености же необходимы были школы, для школ – относительная осёдлость и некоторые смягчения устава. И партия «учёных» была сильнее Франциска и его «товарищей». Сильнее потому, что опиралась на обнаружившиеся тенденции к осёдлости и смягчению устава, на непонимание истинных идей Франциска большинством, на естественное нежелание большинства уступить первенство доминиканцам, пожинавшим плоды своих учёных занятий и учёных проповедей. Она была сильнее и потому, что на её стороне было сочувствие «матери ордена» – Церкви.
Понятно, что при таких условиях ещё при жизни Франциска его орден заметно изменился, приблизившись к традиционным организациям. Сам святой, чувствуя своё бессилие, отказался от руководительства им, предоставив всё министрам и низведя себя на положение простого брата, хотя фактически и обладавшего большим авторитетом. Примером своей жизни старался подействовать Франциск на забывший своё святое призвание орден. Вместе с близкими учениками он соблюдал устав во всей его строгости, и вновь переживало себя в разросшемся ордене первичное братство. Но надежды Франциска на великую силу примера были наивны. Орден, руководимый искусною рукою чтивших Франциска, но не следовавших его примеру «учёных», шёл своею новою дорогой. Ближайшие ученики Франциска жались около своего учителя, после смерти – около старейших и авторитетнейших его братьев, собирали слова, сказанные серафическим отцом, легенды о нём; растили негодование на новых братьев, но оставались относительно незначительной и медленно пополняющейся, хотя и полной энтузиазма группой. Отношения между ними и руководящими слоями всё обострялись. Но в ордене существовали и другие противоречия. Сильно было течение к ослаблению устава, встречавшее сопротивление не только со стороны верных учеников Франциска – «ревнителей», или «зилотов», но и со стороны «учёных» (litterati), совсем не желавших идти в смягчении устава далее пределов требуемого их идеалом. Наконец, в демократическом по составу своему ордене всплыло противоречие между клириками и мирянами, временно при генеральном министре Илье захватившими власть, но потом подавленными первыми.