Во всех этих изменениях важную роль играло отношение новых орденов к Церкви. Рим понимал ценность существования нищенствующих орденов как носителей нового идеала в лоне Церкви. Но курия, знавшая монастырскую жизнь и понимавшая людей лучше какого-нибудь Франциска, понимала, что в ордене должно существовать единство, должна быть организация. Поэтому она сочувственно относилась к консолидации Францисканского ордена, хотя эта консолидация и не вполне соответствовала намерениям Франциска. И здесь не было злого умысла, лукавства или пренебрежительного отношения к святому. Папа Григорий IX умилялся перед бедностью и самоотречением, но, преклоняясь перед идеалом, он умел примирить его с требованиями жизни. Там, где чуткая совесть Франциска, трепеща, угадывала измену «Владычице Бедности», Папа Григорий видел только уступку необходимости, неизбежную, но устранимую чем-нибудь вроде различения собственности и владения и потому даже не нарушающую идеала. Идеею консолидации монашества, которая одна только и могла сделать возможным должный и необходимый надзор Церкви за ним, руководилась курия, осторожно, но твёрдо объединяя многочисленных тосканских еремитов, а потом, в 1256 году, слив их с джьянбонитами и католическими бедняками.
Но нищенствующие ордена обладали не только показательным значением, были не только доказательством возможности апостольской жизни внутри Церкви. Доминиканцы вслед за католическими бедняками с ожесточением бросились на «хищных волков», опустошающих вертоград Господень – на еретиков, превратясь в «Божьих собак» (Dominicanes). За ними потянулись францисканцы и даже августинцы. Борьба с ересью сделалась существенной стороною апостольской деятельности новых орденов, покрываемой термином cura animarum. «Забота о душах», конечно, шире борьбы с ересью, и целью новых монахов было вообще воздействие на нравственность масс, распространение среди них правильных представлений о христианской жизни и основ христианского учения. Эта пастырская деятельность была неразрывно связана с совершением нищенствующими клириками таинства исповеди, а отсюда вытекало и совершение других таинств, приводящее нищенствующие ордена к многочисленным конфликтам с клиром. Ни сами нищенствующие ордена, ни Рим отнюдь не сводили всё к борьбе с еретиками, хотя и придавали ей важное значение: доминиканцы и францисканцы захватили в свои руки принявшую в 30-х годах XIII века окончательный свой вид инквизицию. Из всего этого ясно, как должна была относиться и относилась Церковь к развитию пастырской деятельности, образования и научной работы в нищенствующих орденах. Отношение Церкви ясно всплывает в длинном ряде привилегий новым орденам, будет ли это охрана миноритов и доминиканцев от притеснения ревнивого к своим доходам и влиянию белого духовенства, или защита монахов-профессоров парижского университета от кастовых притязаний местной ученой коллегии.
Со времени клюнизма папство опиралось на монашество, почерпая в его влиянии силы для борьбы за обновление Церкви. Связь монашества и папства, ещё неоформленная в XI веке, постепенно крепла и приобретала всё более ясные формы, к чему сознательно стремилось само папство, видя в монахах противовес белому духовенству. С этой точки зрения смотрела курия и на новые ордена, тем более, что они обладали очевидными преимуществами перед старыми. Помимо популярности нищенствующих монахов, отсутствие осёдлости и принцип бедности препятствовали скоплению владений и территориальной ограниченности, придавали нищенствующим орденам большую удобоподвижность, позволяли им скорее проникать в жизнь и её запутанные отношения. Благодаря демократичности своего состава они ближе стояли к коммунам и массам, пригоднее были для руководства связанными с коммунальной жизнью политическими отношениями и народными движениями. Благодаря тому же они чрезвычайно облегчали Церкви религиозно-моральную её миссию в низших слоях общества. После смерти Франциска, несмотря на определённо выраженное им и Домиником нежелание, минориты и доминиканцы становятся епископами и папскими легатами; на них возлагаются ответственные дипломатические и финансовые поручения; с молчаливого одобрения Папы они иногда становятся во главе коммун. В XIII веке нищенствующие монахи попадаются везде. Они проповедуют на городских площадях или в своих громадных церквях, исповедуют и совершают таинства, отбивая паству у местного клира; творят новых святых. Они – «инквизиторы еретического лжеучения». Они занимают посты епископов, надевают красную шапку кардинала и подымаются на папский престол. Они же становятся профессорами в виднейших университетах Европы.