В середине XIX в. считалось, что именно этот храм сохранился в целом до разрушения монастыря в 1928 г. (52, с. 249)
, но в 1899 г. были опубликованы записки греческого архиепископа Арсения Елассонского, впервые посетившего Москву в 1586 г. и сопровождавшего в 1589 г. константинопольского патриарха Иеремию II Траноса для участия в поставлении первого русского патриарха Иова в правление царя Федора Ивановича. Архиепископ Арсений довольно долго жил в Москве и, согласно трапезундской Сумелийской рукописи, основал в городе и окрестностях 10 церквей. В 1599 г., уже при Борисе Годунове, он был назначен первым архиепископом, служившим постоянные панихиды в Архангельском соборе «при гробах», в Смуту вместе с другими иерархами был в заточении, а в 1613 г. принимал участие в короновании на царство Михаила Романова. Он постоянно жил в Кремле и оставил записки, в которых, в частности, утверждалось, что великий князь Феодор Иоанович «воздвиг и великий храм Вознесения внутри Москвы, при котором имеется большой монастырь… а внутри великого храма находятся гробы великих княгинь и цариц» (18, с. 93; 28, с. 171). Речь шла, таким образом, о существовании третьего храма Вознесения, сооруженного примерно через 70 лет после второго на том же месте, который и был разобран в 1928 г.Это известие вызвало недоверие историков архитектуры, тем более что архитектором храма Василия III предполагался Алевиз Новый – Альвизе Ламберти де Монтаньяна, знаменитый строитель Архангельского собора в 1505–1508 гг. (45, с. 273, рис. 12)
. Правда, это предположение основывалось полностью на косвенных признаках: внешнем сходстве архитектурного решения обоих соборов, общем основном их назначении как великокняжеских усыпальниц, хронологической близости строительства. Забелин предполагал, что строителем этого храма мог быть другой Алевиз – Фрязин – Алоизио да Карезано, построивший в 1514–1519 гг. в Москве 10 или 11 каменных церквей (23, с. 251). Однако известие архиепископа Арсения было подтверждено свидетельством Пискаревского летописца: «Повелением царя и великого князя Феодора Ивановича всеа Руссии поставлен храм камен на Москве в Кремле-городе в Девичье монастыре у Вознесения о пяти верхах, болши старово и монастыря прибавлено» (49, т. XXXIV, с. 200).Анализ материалов архитектурных чертежей собора середины XIX в., выполненных Ф. Ф. Рихтером, рисунки собора того же времени, а также обмерные кроки 1928 г. П. Н. Максимова и Н. Н. Соболева, включающие план основания собора, на котором явно видны остатки белокаменных фундаментов апсид внутри алтаря и нескольких столбов меньшего размера более раннего храма, позволили А. Л. Баталову обосновать компромиссный вариант датировки. По его исследованиям, остатки фундаментов этих апсид и столбов принадлежали храму 1518–1521 гг., а собственно основание храма относится к собору Феодора Иоанновича конца XVI в. При этом обращается внимание на известную грамоту царя Феодора игумену Антониево-Сийского монастыря Питириму, датированную 1587/1588 гг., о постройке в Сийском монастыре каменной церкви Живоначальной Троицы: «…а церковь де мерою заведена в Вознесенскую меру, что в Девиче монастыре у нас на Москве».
Баталов уточняет дату перестройки Вознесенского собора при царе Феодоре вплоть до года – не позднее 1587–1588 гг. (6, с. 32–36)
. Ктитором строительства была царица Ирина Годунова.Необходимость постройки нового храма или кардинальной перестройки старого объясняется жестокими пожарами: пожара 1547 г., когда «церковь Вознесения выгоре», причем погибло 10 стариц и все церковное имущество, кроме чудотворного образа Богородицы, который успел вынести протопоп (возможно, это был список работы Дионисия, восстановленный на обгоревшей в 1482 г. доске), и пожара 24 мая 1571 г., в самый день праздника Вознесения Господня, когда погибла первая из известных по времени игумений монастыря Венедикта с сестрами.
Археолог Л. А. Беляев, осторожно заявляя, что с точки зрения археологии ситуация однозначно не трактуется, тем не менее расценивает эту гипотезу как возможную, не подвергая сомнению существование храма эпохи Феодора Иоановича (8, с. 195)
.К сожалению, несмотря на многие исторические свидетельства о монастырском соборе, у нас практически нет сведений об архитектуре первого храма 1407 г. преп. Евфросинии, а о втором храме Василия III можно только сказать предположительно, что это была трехапсидная, по-видимому, четырехстолпная или шестистолпная – из обмерного чертежа раскопа фундаментов П. Н. Максимова допустимы оба варианта – постройка меньших размеров, чем третий храм царя Феодора Иоановича. При этом вполне могут сохраняться все прежние предположения об авторстве и образце.