Все арестанты всегда присылались под строгим секретом, при чем весьма часто причины ссылки и заточения того или другого лица указывались лишь в самых общих чертах, например, в таком роде: высылается "за противозаконные и крайне вредные по расколу действия", или же: "за пребывание в ереси и отрицание таинств исповеди и святого причащения", или: "за распространение вредных толков о вере и богопротивные деяния"; или: "за надругательство над св. иконами"; или: "за вторичное обращение из православия в раскол"; или: "за духовное преступление, в которое он (штабс-капитан Щеголяв) был вовлечен безнравственностью и невежеством" и т. д. Но и такого рода краткие характеристики делались далеко не всегда, нередко же причины заточения определялись еще более лаконически и в то же время еще более неопределенно, как, например: "за раскольничество", "за старообрядчество", за раскольническую ересь" и т. д. Наконец, в числе заключенных в монастырской тюрьме были и такие, относительно которых даже само монастырское начальство было в полной неизвестности о причинах, вызвавших их заточение.
Множество лиц ссылалось в Соловки "за отпадение от православия" и "за совращение в раскол или ересь". Чиновник 8-го класса Крестинной был заключен в Соловецкую тюрьму "за совращение себя (!), жены своей и детей в раскольническую ересь безпоповщины". С особенною же строгостью преследовалось совращение в раскол нижних воинских чинов.
Довольно часты были случаи, когда в Соловки ссылались за отказ от военной службы; такие отказы большею частью происходили по мотивам религиозного характера. Так, рекрут из крестьян Московской губернии, молоканин Иван Шурупов, 9 лет, по принятии на службу, "отказался дать присягу, несмотря на всевозможные принуждения", Свой отказ он мотивировал тем, что, по слову ожив, нужно служить одному Богу, а потому служить государю он не желает и присягу принять отказывается, опасаясь быть клятвопреступником. Император Николай Павлович на докладе о Урусове положил резолюцию об отправке его под конвоем в Соловецкий монастырь. Гвардейцы Николаев и Богданов бежали из военной службы в раскольнический скит, устроенный в лесу одним мещанином. При поимке один из гвардейцев отказался вовсе служить в военной службе, как несогласной с его убеждениями, и не хотел присягать, другой же, хотя и присягал, но с условием, чтобы ему дозволено было поведывать старообрядчество. За это военное начальство решило прогнать их сквозь строй и отдать в арестантские роты, но государь повелел заточить их в Соловецкий острог.
При ссылке в Соловки сектантов и раскольников, только в редких, сравнительно, случаях определялась та секта, к которой принадлежал заточаемый в монастырскую тюрьму, чаще же всего писалось, что такой-то ссылается "за богопротивную ересь" или "за распространение сектантских толков и дерзость против духовных властей", но в, чем именно состояла эта ересь или это сектантство — не объяснялось.
Впрочем, о принадлежности соловецких узников к той или иной секте иногда можно догадаться и по тем кратким характеристикам, которые заключались о них в делах. Так, например, не трудно узнать последователей известной секты бегунов или странников в следующих характеристиках Соловецких узников: "Егор Иванов — из бродяг, ссылается за Сократе своего звания и непризнавание никаких властей"; или NN — "неизвестный бродяга за непризнавание святых угодников, Государя Императора и начальственной власти", или "бродяга непризнающий власти и Зелики" и т. д.
Только последователи одной секты всегда определялись точно, это — скопцы, которых не мало перебывало в Соловецких казематах Один из них, крестьянин Антон Дмитриев, за оскопление себя и своего помещика графа Головкина был заключен в монастырскую тюрьму «навсегда». Он пробыл в заточении… страшно сказать!., целые 65 лет… В числе скопцов, сидевших в Соловецкой тюрьме, встречаются привилегированные, чиновные лица, как, например, штабс-капитан Созонович.
Священники подвергались монастырскому заточению чаще всего "за побег к раскольникам". К этой главной вине нередко присоединялись еще другие, в роде нетрезвой жизни, пьянства, буйства и т. п. Священник Алексей Степанов был заточен в Соловки "за законопротивные поступки, нетрезвость буйство и побег к раскольникам со вступлением в их секту". Монахи ссылались в Соловки за уклонение в ересь, "за порочную жизнь", "за лживые и клеветнические донос", "за пьянственное и развратное поведение" и т. д.