Первоначально основной воинской единицей монгольской армии была тысяча — об этом говорит и «Сокровенное Сказание», согласно которому в 1206 году Чингисхан назначил девяносто пять тысячников из числа самых проверенных и преданных людей. Среди этих тысячников были и очень известные имена: Мунлик, Боорчу, Мухали, Джелмэ, Субэдэй, Джебэ, Сорганшира; есть и такие, о которых мы не знаем ничего. Уже вскоре после великого курултая, исходя из военной целесообразности, Чингисхан сделал лучших своих тысячников темниками, а два старых соратника — Боорчу и Мухали — возглавили, соответственно, правое и левое крылья монгольского войска.
Макроструктура монгольской армии, включавшая в себя войска правой и левой руки, а также центр, была утверждена все в том же 1206 году. Подобное деление тоже шло из глубины веков: так строилась еще армия Модэ. Однако позднее, в 1220-е годы, стратегическая необходимость, вызванная ростом количества театров военных действий, заставила Чингисхана фактически отказаться от этого принципа. Старый тип организации в наиболее четком виде фиксируется накануне похода на государство Хорезмшахов. Из общего числа в сто тридцать девять тысяч воинов шестьдесят две тысячи входили в левое крыло, тридцать восемь тысяч составляли правое, корпус кешиктенов и войска братьев, сыновей и племянников Чингисхана — всего тридцать восемь тысяч человек — образовывали центр. Недостающей тысячей была, видимо, та специальная тысяча урянхайцев, которая охраняла священную гору монголов Бурхан-Халдун. После смерти Чингисхана эти урянхайцы стали хранителями могилы своего великого вождя и никогда не принимали участия в военных действиях.
После среднеазиатского похода и появления нескольких фронтов эта структура была изменена. Чингисхан был вынужден отказаться от принципа единого войска. Формально крупнейшей воинской единицей оставался тумен, но для выполнения самых важных стратегических задач создавались крупные армейские группы, как правило, из двух-трех, реже из четырех туменов, и действующие как автономные боевые единицы. Общее командование такой группой — сегодня мы назвали бы ее экспедиционным корпусом — получал наиболее подготовленный темник, который в этой ситуации становился как бы заместителем самого хана. Такими автономными армиями являлись корпус Мухали в Китае, а также корпуса Чормагана и Джебэ. Военачальники таких обособленных групп — а ими могли быть и отдельный тумен, и даже тысяча — имели очень широкий спектр полномочий и пользовались большой свободой действий, с тем, чтобы не сковывать инициативу начальника в непредсказуемых условиях боевого похода. В целом, такая ситуация, казалось бы, весьма нехарактерна для монгольского войска с его железной дисциплиной, которой в полной мере подчинялись и темники, и тысячники. Но это только доказывает, что для Чингисхана принцип военно-стратегической целесообразности стоял выше принципа формального подчинения. Но в то же время и спрос с военачальника за выполнение боевых заданий был велик. Даже своего любимца Шиги-Хутуху, после того, как тот потерпел неожиданное поражение от Джелаль ад-Дина при Перване, Чингисхан навсегда отстранил от высшего военного командования, сохранив за ним только его личную тысячу.
Вообще, принципы формирования командного состава армии, установленные Чингисханом, чрезвычайно любопытны. Отдавая безусловное предпочтение своим проверенным соратникам, Чингисхан, тем не менее, ясно давал понять, что для любого его воина карьера открыта, вплоть до самых высоких должностей. Об этом он недвусмысленно говорит в своем наставлении (билике), что фактически делало такую практику законом государства: «Всякий, кто может вести верно дом свой, может вести и владение; всякий, кто может устроить десять человек согласно условию, прилично дать тому и тысячу, и тумен, и он может устроить хорошо». И наоборот, всякого не справляющегося со своими обязанностями командира ждало разжалование, а то и смертная казнь; новым начальником назначался человек из той же войсковой единицы, наиболее подходящий для этой командной должности. И эта система действовала не только среди низшего командного состава: то же правило было установлено и для тысячников и темников. Заметим, что Чингисхан ввел и еще один важный принцип командования — принцип, который в современной армии является основополагающим, но в полном объеме вошедший в уставы европейских армий только к XIX веку. А именно, в случае отсутствия командира по какой-либо, даже самой незначительной причине, вместо него тут же ставился временный командир. Это правило действовало даже если начальник отсутствовал всего несколько часов. Такая система четко работала на постоянное поддержание боевой готовности и была весьма эффективна в непредсказуемых условиях военных действий.