Возвращаясь к началу конфликта между папой Евгением IV и Базельским собором, можно сказать, что каждая сторона объявляла, что только она имеет право заниматься греческим вопросом. В конце концов византийский император принял приглашение папы и лично привез делегацию греческого духовенства в Феррару. Поскольку Русская церковь являлась частью византийской патриархии, ей тоже было положено быть представленной в Ферраре. Но в это время у нее были собственные проблемы. В 1431 году умер митрополит Фотий. Московское правительство и духовенство желали видеть его преемником восточнорусского епископа Иону Рязанского. Великий князь литовский Свидригайло поддерживал западнорусского епископа Герасима Смоленского, который отправился в Константинополь, и там был произведен в сан Митрополита Всея Руси (1434). Возможно, византийские власти полагали, что западнорусский епископ более благосклонно отнесется к идее церковного объединения, чем восточнорусский. Как мы знаем, в следующем году Герасима казнили в Витебске по приказу того же Свидригайло, который сначала его поддерживал. Митрополичья кафедра Руси снова оказалась вакантной. Теперь московское правительство послало в Константинополь епископа Иону и просило императора и патриарха признать его в качестве нового митрополита. Византийские власти отказались это сделать, а назначили грека (эллинизированного славянина), Исидора (уроженца Салоников). Исидор прибыл в Москву в 1437 году и, после некоторого колебания, его приняли там как митрополита. Вскоре он раскрыл свое намерение отправиться на собор в Феррару. И великий князь Василий II, и московское духовенство сначала с подозрительностью относились к переговорам с Римской церковью. В конце концов, однако, после того, как Исидор поклялся не предавать православие, московские власти разрешили ему ехать в Италию. Его сопровождали епископ Авраамий суздальский и примерно сто человек священников и мирян.
Несмотря на оппозицию греков старой школы любому изменению в Символе веры, большинство из них, под давлением императора Иоанна, пусть неохотно, но согласились с римской формулировкой, которую с греческой стороны поддерживали Виссарион Никейский и Исидор Русский. Главенство папы тоже было признано915
. Единственным греческим прелатом, отказавшимся подписать декларацию о союзе, был епископ Марк Эфесский. Уния с греками была объявлена в папской булле («Laeterentur coeli») 6 июля 1439 года916. И Виссариона, и Исидора сделали затем кардиналами. Унию с армянами провозгласили в ноябре 1439 года, а с якобитами – в 1441.Сколь бы целесообразной ни была церковная уния для византийской дипломатии, она разрушила духовное единство греков и увеличила напряженность внутри империи. Тогда как император и некоторые служители церкви поддерживали объединение, большая часть духовенства и мирян были против него. Зловещим знаком деморализации, обусловленной религиозным конфликтом, было распространение среди православных греков тюркофильства и пораженчества. Характерное высказывание «человека с улицы», иллюстрирующее эту тенденцию, записано в хронике Дуки: