После возвращения Василия II к власти перед его администрацией стояли две первоочередных задачи: подавление возрождающегося сопротивления Шемяки и защита Московии от нападений татарских орд. Чтобы успешно справиться с этими задачами, для Москвы было важно исключить любую возможность появления «третьего фронта» на западе. Поэтому одним из первых шагов правительства было организовать заключение с Литвой пакта о ненападении. Почву для подобного соглашения подготовило одобрение королем Казимиром IV кандидатуры Ионы на митрополичью кафедру. Иона, по-видимому, тоже принимал участие в последующих политических переговорах. Московско-литовский договор о дружбе и ненападении был подписан 31 августа 1449 года. Согласно его условиям великий князь Василий II и король Казимир IV дали клятву жить между собой в мире и не поддерживать врагов друг друга. В частности, Казимир обещал не помогать Шемяке, а Василий не давать убежища Михаилу (сыну Сигизмунда). Каждый правитель должен был способствовать другому в его борьбе против татар. Кроме того, было согласовано, что Великое княжество Тверское находится в сфере влияния Литвы955; великий князь Борис Александрович Тверской подписал соответственно специальный договор с королем Казимиром IV956.
Особые условия московско-литовского договора скрупулезно не соблюдала ни одна из сторон, или, по меньшей мере, соблюдала недолго. В 1450 году в Москве дали пристанище Михаилу. (Его отравили в следующем году, очевидно, литовские агенты.) Четыре года спустя Казимир принял и пожаловал землями бывшего соратника Шемяки, князя Ивана Можайского, Москва посчиталась, пытаясь отторгнуть от Литвы Тверь, и примерно в 1456 году Василий II и Борис Тверской заключили договор о дружбе. Несмотря на эти взаимные нарушения, московско-литовский договор достиг своей главной цели, обезопасив Московию от нападения с запада в критический период ее истории. В целом, отношения между Василием II и Казимиром IV оставались дружескими до конца жизни Василия, и в своем завещании великий князь московский сделал «своего брата» короля Польши опекуном своей вдовы и сыновей.
С Шемякой московское правительство решило сначала попытаться действовать убеждением, а потом уже прибегать к силе оружия. 29 декабря 1447 года пять русских епископов, включая назначенного митрополитом Иону, подписали обращение к Шемяке с настоятельной просьбой прекратить междоусобную войну и признать Василия II великим князем. Шемяка в своем послании новгородцам еще раз обвинил Василия в том, что он позволяет татарам управлять в нескольких русских городах. Епископы отвечали, что Шемяка сам несет ответственность за присутствие татар на русской земле, поскольку Василий II не может избавиться от них, пока на Руси идет замятия. Они гарантировали, что практика пожалования татарам русских городов для кормления будет прекращена, и татары поселятся на пределами Руси, как только Шемяка присягнет Василию957.
Обращение епископов принесло результаты. Не будучи пока готов к войне, Шемяка торжественно поклялся признать себя вассалом Василия Темного и никогда не восставать против него. Почувствовав себя готовым продолжать борьбу, он тут же нарушил свое слово. В 1449 году он напал на Кострому, но потерпел поражение от московских войск под командованием князя Ивана Стриги-Оболенского и Федора Басенка. Через год Василий II послал на Галич сильную армию во главе с князем Василием Оболенским, которого поддерживали царевичи Касим и Якуб со своими татарами. Войска Шемяки были разбиты, а он сам бежал в Новгород. Однако даже тогда он не отступился и зимой 1451-1452 годов, собрав новую армию (увеличенную, без сомнения, новгородскими и вятскими добровольцами), осадил Устюг, важный торговый центр Северной Руси. Туда немедленно были посланы большие московские силы под командованием князя Василия Серпуховского, князя Семена Оболенского и Федора Басенка. В походе также принимал участие царевич Якуб. Еще раз Шемяка бежал в Новгород. В следующем году его отравили по приказу Москвы. Когда Василий II узнал о его смерти, он