В 1250 г. горячие споры монгольских лидеров по поводу наследования трона великого хана зашли в тупик, и стал очевиден разрыв между двумя противоборствующими группами Чингисидов – с одной стороны, потомками Джучи и Толуя, и потомками Чагатая и Угэдэя – с другой. Поскольку последняя группа не имела сильного лидера, Бату и Мункэ чувствовали себя увереннее своих противников и в конце концов решили взять все в свои руки и подавить противодействующую фракцию.174 Когда первое заседание выборного курултая, который собрался в 1250 г. близ озера Иссык-Куль в улусе Чагатая, не пришло к какому-либо решению, Бату послал своих сына Сартака и брата Берке на восток с тремя армейскими соединениями, чтобы организовать второе заседание курултая на берегах реки Керулен в Монголии, то есть в улусе Толуя. Наиболее влиятельные потомки Чагатая и Угэдэя отказались присутствовать на этой встрече, что не помешало противоборствующей группе настаивать на ее легитимности. Поскольку Бату отказался от трона, Мункэ был провозглашен великим ханом 1 июля 1251 г. Видимо, существовало секретное соглашение между Мункэ и Бату, в котором Бату была обещана полная автономия его улуса. На этой базе два двоюродных брата пришли к полному взаимопониманию.
Первым шагом Мункэ стало безжалостное подавление противодействующей фракции. Множество князей домов Чагатая и Угэдэя были обвинены в заговоре против нового хана и казнены или посажены в тюрьму вместе со своими сторонниками. Среди прочих Алджигидей, монгольский командующий в Персии, был отозван в Монголию и казнен. Канцлер Чинкай также должен был заплатить своей головой за верность дому Угэдэя. Хитрый Махмуд Ялавач стал единственным уцелевшим императорским советником. В 1252 г. хатун Огуль-Гаймиш была приговорена к смерти. Ненависть Мункэ к ней явно проглядывает и в его стремлении опорочить ее память два года спустя в официальном документе, его письме Людовику IX: «
Переход наследования от дома Угэдэя к дому Толуя был, разумеется, государственным переворотом. Хотя жесткая политика террора Мункэ временно подавила всякую мысль о восстании, тяжелый перелом не был залечен, и новый конфликт должен был произойти в правление его наследника. На какое-то время, однако, все выглядело блестяще для монгольского императора, поскольку Мункэ оказался способным и энергичным правителем. В его правление были предприняты два основных монгольских наступления – на Переднем Востоке и в Южном Китае. На Переднем Востоке король Людовик IX попытался еще раз прийти к соглашению с монголами. Услышав о добром отношении Бату к христианам и обращении его сына Сартака, король послал новую францисканскую миссию в Южную Русь под руководством вышеупомянутого монаха Вильяма. На этот раз францисканцам было рекомендовано скрывать дипломатический характер своего визита и путешествовать как миссионеры. Они покинули Константинополь в мае 1253 г. и прибыли в ставку Бату 31 июля. Бату приказал одному из спутников монаха Вильяма остаться в Южной Руси при дворе Сартака, а двум другим продолжать путь в Монголию.