18 октября произошла короткая перестрелка на Кассарском плесе германских эсминцев с отходящими русскими кораблями. Она была практически безрезультатной. 18 октября были частично эвакуированы русские гарнизоны островов Муху и Хийумаа, и в тот же день немцы полностью заняли Муху. Береговые батареи на этом острове были взорваны. Отходящие русские корабли не смогли эвакуировать большинство русских войск на острове Муху, и они капитулировали. Остров Хийумаа был занят противником 20 октября.
Таким образом, реальное сопротивление немецким войскам было оказано только в начальной стадии операции личным составом одной береговой батареи и в период боев за Муху личным составом Ревельского морского батальона смерти. Эта воинская часть была создана из добровольцев — офицеров, унтер-офицеров и моряков Ревельской военно-морской базы. Батальон отличился еще во время Рижской оборонительной операции. Из имевшихся в его составе 300 чел. к окончанию боев в нем осталось неубитыми и неранеными всего 15 чел. Первый командир батальона штабс-капитан Егоров погиб, три офицера батальона, не желая отступать, застрелились. Введенный вновь в бой 13 октября, личный состав батальона оказал сопротивление немецкой пехоте во время боев на Муху. Однако, сдерживая противника, имевшего подавляющее преимущество в силах, ведя бой в окружении других, уже деморализованных русских частей, этот батальон не смог остановить в одиночку немецкие войска. Эвакуироваться смогла лишь его часть. Командир морского батальона смерти капитан 2-го ранга П. О. Шишко отказался эвакуироваться, пока на острове оставались его солдаты, был ранен и попал в плен[19]
. Потери немцев в ходе операции составили 386 убитых и раненых, однако они захватили более 20 000 пленных, 141 орудие, 130 пулеметов.После революции в Германии и ухода ее войск Моонзундские острова оказались в составе молодой Эстонской республики. Основным ее противником был СССР. Поэтому укреплению обороны островов, находящихся на западе, внимания практически не уделялось. По административному делению острова Сааремаа и Муху входили в состав Сааремааского уезда с центром в Курессааре. Главой уезда был назначенный президентом Эстонии Хендрик Отставел, совет уезда состоял из 18 представителей, которые выбирались от 11 сельских общин уезда. Наиболее развитыми отраслями промышленности являлись: пищевая, текстильная и деревообрабатывающая. Основной сельскохозяйственной культурой был картофель. Острова Хийумаа и Вормси входили в состав Ляянэмааского уезда, с центром в Хаапсалу.
После прибытия на острова советских войск в соответствии с советско-эстонским договором у местного населения возникли определенные трудности. Для строительства военных объектов (береговых батарей, аэродромов, военных городков и т. д.) отчуждалась земля и проводилось переселение. В то же время к строительству многих объектов советской военной инфраструктуры привлекались эстонские строительные фирмы. Это давало многим работу. В июле указом президента Эстонии новым губернатором уезда был назначен Александр Ингалт, а прежний руководитель стал его советником. Уже в августе 1940 года к руководству в уезде пришли просоветски настроенные политические деятели. Одновременно были уволены или ушли сами служащие полиции. Им на смену была создана милиция, в которой стало работать около 200 лояльных советской власти человек. Организация самообороны (кайтселит) была распущена.
После вступления в состав СССР административное устройство Эстонии и в том числе на Сааремаа было реформировано по советскому образцу. Первым секретарем ВКП(б) уезда был назначен выпущенный из тюрьмы 21 июня 1940 года А. Муй, 2-м секретарем — А. Кууль, председателем уездного исполкома — И. Эллам[20]
. Начальником отдела НКВД стал Юхан Пайдё. После разделения НКВД в феврале 1941 года, начальником отдела НКГБ стал Василий Рийс. К лету 1941 года в рядах Сааремааского отдела КП(б) Эстонии было 73 члена и 159 кандидатов в члены КП(б)Э; работников Сааремааского отдела НКГБ — 31; в милиции в этом же периоде 122 чел.[21]. Первым секретарем ВКП(б) Ляянэмааского уезда стал А. Якобсон. Осенью 1940 года была постепенно отменена эстонская валюта и введена советская. Параллельно шла национализация, начавшаяся с крупного капитала и захватывающая постепенно средний. Все это приводило к падению уровня жизни населения. На его фоне происходило падение престижа новой власти и возникновение антисоветских настроений. Власть на это отвечала репрессиями. Наиболее опасными для советской власти считались члены бывшей эстонской военизированной организации «Кайтселийт». Весь архив его дружины был захвачен. Зачастую аресты осуществлялись лишь за принадлежность к этой организации в период независимости[22].Наиболее тяжелые последствия для населения острова имела депортация нелояльных советской власти людей накануне войны, 14 и 15 июня 1941 года. Всего было арестовано и выслано 124 человека.
Первый секретарь Сааремааского уездного комитета КП(б)Э Александр Муй