Высадив сухопутную армию на африканский берег и разгрузив суда, Брюэйс имел несколько вариантов дальнейших действий. Он мог уплыть на Корфу или в Тулон, что не требовало специальных приготовлений. Наполеон приказывал вести эскадру в старый порт Александрии: для этого необходимо было обследовать фарватер среди подводных рифов, преграждавших доступ в старый порт.
Пока велись замеры и обследования, Брюэйс держал суда в бухте Абукир. Он расположил на близлежащем острове 550 пехотинцев с двумя полевыми орудиями и считал, что его флот занимает неприступную позицию.
Выбирая между Александрией и бухтой Абукир, Брюэйс предпочел Абукир. Порт Александрии труден для навигации и может быть блокирован неприятелем. Бухта Абукир удобна для того, чтобы поставить суда на якорь, и имеет больше пространства для маневра.
Наполеон, узнав о действиях Брюэйса, был чрезвычайно ими недоволен и раздосадован. Он тут же направил своего адъютанта капитана Жюльена с приказанием явиться на борт флагманского корабля «Ориент» и не покидать его до тех пор, пока посыльный не увидит всю эскадру на якоре в старом порту.
Бонапарт, по его словам, написал адмиралу, выражая крайнюю тревогу:
«За 20 дней у того [Брюэйса] было время установить, может ли его эскадра войти в старый порт или не может; почему же тогда он не вошел туда? Или же почему он, в соответствии с данным ему приказом, не отплыл на Корфу или в Тулон? Он [Наполеон] повторяет свой приказ не оставаться на этой плохой позиции и немедленно поднять якоря; Абукир — открытый рейд, поскольку правое крыло [французской эскадры] не прикрывается там сушей; его [Брюэйса] аргументация была бы убедительной, если бы ему угрожало нападение эскадры равной с ним силы; но маневры английского адмирала за последний месяц достаточно ясно показывают, что он ожидает подкреплений из-под Кадиса и что, как только подкрепление присоединится к нему, он появится... с 18, 20 или 25 линейными кораблями; нужно избегать всякого боя на море и возлагать надежды только на старый порт Александрии».
У Аль-Кама на капитана Жюльена напал отряд арабов. Судно, на котором он находился, было ограблено, а сам мужественный офицер зарезан, защищая свои депеши.
Брюэйс имел целых три недели для того, чтобы подготовиться к возможному нападению врага. Он планировал связать корабли канатами и держать их как можно ближе к берегу, чтобы неприятельские суда не могли проскользнуть между французской линией и сушей. Дополнительной защитой для флота являлась батарея мортир, установленная на острове.
1 августа в два с половиной часа пополудни адмирал Брюэйс, эскадра которого была расположена в Абукире, вблизи Александрии, обедал вместе со своими офицерами. Вдруг ему доложили о том, что на горизонте появились корабли.
Неужели это Нельсон? Как некстати, ведь план защиты до конца не выполнен! Французы не успели связать суда канатами и растянули свою линию более чем на милю, вместо того чтобы встать более компактно.
Брюэйс посмотрел в телескоп. Всякие сомнения исчезли — это были англичане.
Покинув Александрию 29 июня, Нельсон предполагал, что французская армада направляется в Турцию. Он был в состоянии нервного истощения. В числе прочего он говорил своим офицерам о том, что, возможно, они просто опередили Наполеона. Однако затем эта верная догадка забылась, и английский флотоводец продолжал думать о том, что целью врага был вовсе не Египет.
Прошло пять дней плавания, и Нельсон вновь поменял решение. Находясь недалеко от Кипра, он взял общее направление на запад.
Когда англичане плыли на всех парусах к Александрии, их настроение было возбужденно-приподнятым. Теперь оно сменилось унынием и отчаянием.
В офицерской столовой флагманского корабля «Вэнгвард» спиртное полилось рекой. Согласно судовым записям, за первую неделю июля потребление алкогольных напитков достигло своего пика: Нельсон и десяток его приближенных употребили двенадцать бутылок портвейна, девять бутылок хереса, шесть бутылок красного вина и двадцать бутылок портера (не считая того, что большинство офицеров имели собственный запас спиртного).
Оставив позади Кипр, английская эскадра прошла мимо Крита. Казалось, что удача полностью отвернулась от Нельсона. Пустой горизонт, ни одного встречного корабля! И никаких данных о том, куда делся колоссальный вражеский флот.
Нельсон был сбит с толку и часто совещался с офицерами. Они вели бесплодные дискуссии, вновь и вновь повторяя набившие оскомину версии: Сицилия? Англия, Ирландия? А может быть, Бразилия?
Он был на грани жизни и смерти. Позднее он признался Троубриджу:
«Мое возвращение в Сиракузы в 1798 году разбило мое сердце... я был близок к смерти от воспаления сердечных сосудов».
Нельсон написал Фанни:
«Я не смог найти французский флот, к моему великому огорчению... Я все еще живу надеждами встретить этих парней... [Бонапарт] командует флотом так же хорошо, как армией... Мы прошли около 600 лиг, это невиданная экспедиция, но я, как и двадцать семь дней назад, не знаю, где находится враг».