В конце сентября Вильнёв получил приказы министра Декрэ вести объединенный флот в Средиземное море и далее направить корабли в Тулон, Геную и Неаполь. Во французских и итальянских портах можно было скорее найти необходимые ресурсы, чем в нищей Испании, — так, вероятно, думал Декрэ. Кроме того, Вильнёв должен был высадить солдат в Калабрии.
Главнокомандующий объединенным флотом готов был покинуть Кадис. Он испытывал страх перед Нельсоном: неистовый адмирал атаковал французскую эскадру, стоявшую на якоре в бухте Абукир, и вполне мог напасть на Вильнёва в Кадисе, ведь такой опыт у англичан был.
Дскрэ гнал Вильнёва в море. Получив приказы министра, адмирал поначалу обрадовался и хотел поднять паруса. Однако, проведя осмотр своих судов, Вильнёв написал Декрэ, что флот не укомплектован и находится в плохом состоянии. Испанские суда, прошедшие ремонт, не имеют ни пушек, ни матросов. Вывод: нужно оставаться в Кадисе до тех пор, пока корабли не будут отремонтированы, а их штаты не будут укомплектованы.
Коллеги и подчиненные видели колебания Вильнёва. Адмирал Шарль-Рене Магон и генерал Жак Лористон, который командовал сухопутными силами, размещенными на кораблях Вильнёва, критиковали его за нерешительность. Лористон был отозван в Париж и подал рапорты Декрэ и самому Наполеону. Он указывал на некомпетентность и заносчивость Вильнёва.
Уважаемый Гравина, который год тому назад имел титул испанского посла в Париже, теперь чувствовал свое бессилие в борьбе с бюрократией. Однако он сохранял лояльность и предложил провести совещание адмиралов и капитанов кораблей, чтобы выслушать мнение каждого и сформировать единую позицию.
Встреча состоялась 8 октября. Вильнёв почувствовал, что флот находится на грани мятежа. Капитаны были храбрыми воинами, готовыми сражаться с англичанами, но они более не могли выносить позора бездействия и состояния обидного бессилия. Некоторые говорили, что они должны выполнять приказы императора и выходить в открытое море, даже если не хватает людей. Результатом совещания стало соглашение о том, что необходимо игнорировать приказ парижского начальства о немедленном плавании в Неаполь.
Со дня прибытия потрепанных судов в Кадис потребовались семь недель согласований между официальными лицами, министрами, послами, банкирами и участие члена испанской королевской семьи, чтобы найти приемлемое финансовое решение проблем снабжения объединенного флота и ремонта судов.
Адмирал Вильнёв получил письмо императора. Тот заявил, что заменит Вильнёва на адмирала Розильи, если «непомерная трусость» будет и дальше удерживать его в Кадисе. В письме говорилось: император «считает, что потеря его судов — ничто, если они потеряны с честью».
Это не было смещением Вильнёва с его поста. Официальное увольнение командующего было поручено Декрэ, и министр уже сделал это на бумаге. Но письмо императора было вызовом, который Вильнёв не мог не принять. Обвинение в трусости было непереносимым.
18 октября Вильнёв узнал о том, что Розильи покинул Париж и находится в Мадриде (он прибыл туда 10 октября). Важной деталью информации было то, что этот вице-адмирал представлен к званию полного адмирала. Вильнёв все еще не получил приказа Декрэ о своем смещении, но имел достаточно сведений, чтобы сделать правильные выводы. Какой еще может быть причина для путешествия немолодого адмирала по опасным испанским дорогам, по которым невозможно проехать без эскорта, кроме как направление к новому месту службы?
Вильнёв туг же написал Декрэ: если его хотят сместить, то он принимает свой жребий, хотя было бы хорошо предупредить его об этом. И далее он самонадеянно заявляет, что готов стать заместителем главнокомандующего.
Итак, сзади у Вильнёва были Розильи в Мадриде и разгневанный император, а перед ним — Нельсон. Какое из двух зол он должен был выбрать?
В тот же день французский адмирал дал приказ приготовиться к выходу в открытое море. Он надел свой лучший мундир с золотой тесьмой, увешанный орденами. Вильнёв решил воспользоваться легким бризом, чтобы покинуть гавань и плыть в южном направлении.
Его приказы раздражали некоторых капитанов, вызывали протесты и даже приводили к открытому неповиновению. Вильнёв и Гравина опасались мятежа и решили смешать флоты. Это было неудачное решение: смешанные эскадры действовали хуже, чем национальные флоты под командой своих адмиралов.
Главнокомандующий планировал, что корабли выйдут в море и займут боевые позиции. Движение, начатое ранним утром 19 октября, продолжалось и после полудня. Видя, что процесс вывода судов из бухты затягивается, Вильнёв приказал к ночи бросить якоря. Адмирал Магон, командир эскадры, назвал приказ глупым и не стал его выполнять. Он считал, что Вильнёв более не имеет права командовать флотом.
Капитаны и другие офицеры много спорили перед выходом в море. Они знали о том, что Розильи движется в направлении Кадиса. Многие из них заявляли, что нет смысла рисковать жизнями под командой адмирала, дни которого на его посту сочтены. Испанцы протестовали против того, чтобы умирать на чужой войне.