В тот же день — 12 июля — противник предпринял первую попытку провести большой конвой в Рижский залив. Истребители, вылетевшие на разведку в Ирбенский пролив, обнаружили большой конвой противника из 50 кораблей в составе транспортов и мелких судов. Конвой шел в охранении восьми миноносцев, трех сторожевых кораблей и большого количества сторожевых и торпедных катеров. Штаб флота получил донесение об обнаружении конвоя противника в 1720. К этому времени конвой уже прошел Ирбенский пролив и находился у мыса Колкасрагс. В узкой части Ирбенского пролива конвой был обстрелян батареей № 315, затем на его поиск вылетели бомбардировщики и вышли торпедные катера.
Эскадренные миноносцы должны были найти и атаковать противника утром на подходе к порту выгрузки. Корабли (7 эсминцев и 2 сторожевых корабля) вышли на поиск конвоя только в 6 часов 13 июля. Отряд разделился на три группы. «Стойкий», «Гордый», «Грозящий» и «Сильный» шли центральной частью залива до видимости Даугавгрива. В 13 часов все корабли, не обнаружив конвоя, соединились у Рижского буя, обстреляли порт Даугавгрива и вернулись в Моонзунд. В.П. Дрозд приказал «Стойкому» идти в Таллин, сменить поврежденный винт. 14 июля эсминец встал на Таллинском рейде.
18 июля «Стойкий» под брейд–вымпелом командира дивизиона Г.С. Абашвили совместно с «Сильным» вышел в Кронштадт, эскортируя подводные лодки «С–101» и «С–102». Корабли шли за тральщиками.
В Кронштадте «Стойкий» встал к стенке Морского завода для ремонта, который продлился почти месяц. В доке правый гребной вал заменили другим, взятым со «Сторожевого». Попутно на эсминце смонтировали гидроакустическую станцию «Ультра–фон», два 37–мм автомата 70–К, установили два бомбомета «БМБ–1».
14 августа Д.Я. Самус предал командование «Стойким» бывшему старпому капитан–лейтенанту, затем капитану 3–го ранга Б.П. Левченко.
22 августа эсминец, взяв на борт 75 минных защитников, совместно с минным заградителем «Марти» и эсминцем «Сильный» вышел к острову Гогланд, однако из-за разыгравшегося шторма выставить заграждение не удалось, и корабли на следующий день вернулись в базу.
С 25 по 27 августа «Стойкий» совместно с «Сильным» поддерживал наши войска на побережье Выборгского залива. Эсминец выпустил 490 130–мм снарядов по неприятельским позициям в районе Койвиста и Лиханиеми и еще 60 по транспортам в районе Транзунда. К сожалению, стрельба по берегу велась без корректировки, и ее эффективность оказалась низкой. Не подтвердилось и донесение о потоплении корабельной артиллерией вражеского транспорта. 28–30 августа «Стойкий» стоял в готовности к открытию огня у Койвисто, а 31 августа вернулся в Кронштадт.
3 сентября «Стойкий» с минзагом «Урал» и эсминцем «Сильный» вышел на минную постановку в район южнее Гогланда. Эсминец выставил 80 минных защитников. Во время постановки корабли были обстреляны батареей с острова Торсари. Корабли поставили дымовую завесу, и батарея прекратила огонь. В ночь на 14 сентября эсминец выставил 64 мины в районе банки Вигрунд.
Утром 15 сентября «Стойкий» был отправлен из Кронштадта в Ленинград в распоряжение штаба Морской обороны города. Эсминец занял позицию в Морском канале Ленинградского порта. С 16 сентября по 21 октября корабль принимал активное участие в обороне города. За это время он провел 54 стрельбы главным калибром, выпустив 576 фугасных снарядов. Неоднократно зенитчики «Стойкого» открывали огонь и по вражеским самолетам. 18 сентября на берег в морскую пехоту был отправлен взвод моряков эсминца.
Несколько раз эсминец, используя корректировочный пост, вел контрбатарейную стрельбу. 6 октября, во время одной из таких дуэлей, немецкий 210–мм снаряд, отрикошетив от стенки набережной («Стойкий» находился в Гутуевском ковше торгового порта), пробил насквозь оба борта корабля в районе 41–го шпангоута и разорвался в воде. Попадание было крайне опасным — снаряд прошел через 2–й и 4–й погреба 130–мм и 45–мм боезапаса. Во 2–м погребе он разбил стеллаж с 12,7–мм пулеметными патронами, которые загорелись, а затем взорвались, смяв переборку на 51–м шпангоуте и вспучив верхнюю палубу по всей ширине. К счастью, мгновенной детонации остальных боеприпасов не произошло, а хлынувшая через пробоину вода быстро затопила оба погреба. Вспыхнувший пожар в кубрике был быстро ликвидирован силами личного состава, потери экипажа составили 9 человек ранеными.
В течение 6 минут эсминец отдал швартовы и вышел из зоны обстрела (правда, в спешке навалился на пирс и повредил гребной винт). Боцманская команда пыталась завести пластырь на пробоину в борту. Корабельные средства не справлялись с откачкой воды, был уже затоплен центральный артиллерийский пост. Носовая часть погружалась в воду. Помог эсминцу стоявший неподалеку ледокол «Волынец», к борту которого «Стойкий» успел подойти своим ходом. С ледокола подали шланги, заработали мощные помпы, и после заводки пластыря поступление воды прекратилось. Ремонт корабля выполнил Балтийский завод.