Последующие события для России имели больше сухопутное значение. Казаки-черноморцы воевали с армией Наполеона в составе сухопутной армии. Некому и незачем было выходить в море. Да и грозные ранее казачьи лодки — сгнили и пошли на дрова. Лишь седые деды, звеня серебряными медалями, рассказывали внучатам о схватках с кораблями Гассан-Паши под Очаковом, Измаилом. О том, как свистит ветер в снастях парусов и как гремят корабельные пушки…
Правда, весной и осенью 1809 года флотилия черноморских казаков участвовала в неудачных штурмах турецкой крепости Браилов. Но с 1810 года казачьи лодки гребной флотилии прекратили крейсерство в северо-восточной части Черного моря и в лимане Кубани. Лишь в русско-турецкую войну 1828–1829 годов черноморские казаки чуть-чуть тряхнули стариной. 1-й пеший полк черноморских казаков был посажен на суда и разбил турецкий флот под тем же Браиловым, заслужив еще одно почетное знамя. Это была последняя награда, полученная казаками за морское сражение.
С моря они еще дважды (в 1807 и в 1828 гг.) осаждали и защищали Анапу, бывшую тогда турецкой крепостью. В ночь на 20 мая 1828 года казаками взяты на абордаж у стен Анапы три турецких корабля.
Но, конечно, о флотилиях в сто судов с собственным брейд-вымпелом никто и не мечтал. Так, береговая служба, береговая охрана от контрабандистов — вот функции черноморцев в те годы. О плаваниях через все Черное море, как ходили деды, теперь только вспоминали.
Окончательно «иссушил» флотский дух в Черноморском казачьем Войске император Николай I. В 1842 году он утвердил новое «Положение о Черноморском казачьем Войске», представленное военным министром графом Клейнмихелем.
Внук Екатерины Великой утвердил границы земель черноморцев между восточным берегом Азовского и частью Черного моря. Разделив Войско на три округа: Таманский, Екатеринодарский и Ейский. «Столицей» Войска стал город на Кубани — Екатеринодар. Морских команд и вооруженных морских судов в боевом расписании Войска, согласно этому «Положению», не предусматривалось вообще. Офицерские чины казаков-черноморцев уравнивались с общеармейскими. Вооружение: пистолеты, шашки, кинжалы и форма одежды — по образцу конных полков.
Так, еще до Восточной (Крымской) войны на Черном море, повлекшей за собой полное исчезновение русского военного флота с этого моря на 15 лет, казаки-черноморцы окончательно пересели со скамьи гребцов боевых флотилий в седла боевых коней, к концу XIX века окончательно превратившись в кавалерию Кубанского казачьего Войска.
Обобщив имеющиеся архивные и библиографические источники, можно подвести итоги боевой истории Черноморского Войска. За сравнительно короткий период — с 1789 по 1792 год — моряки-казаки Черноморского казачьего Войска приняли участие не менее чем в десяти крупных морских боях и десантных операциях: у Кинбурнской Косы, у Очакова, у Измаила, у Браилова, у Белграда, остров Березань… Потопили и сожгли 222 турецких судна различного типа. Захватили более шести турецких знамен.
В этих же боях и плаваниях казаки потеряли 21 лодку. Приблизительные
потери казаков в боевых действиях на море и побережье составили: убитых офицеров — 9 (умер от ран кошевой атаман-адмирал Сидор Белый), рядовых казаков — 243, раненых — 564. Попало в плен минимум 235 казаков — их судьба неизвестна.Казакам Черноморского Войска не жаловали чинов адмиралов и офицеров флота. Их награждали чинами армейских офицеров. Но по роду их боевой деятельности можно решительно отнести к категории адмиралов гребных флотилий: первого Кошевого Атамана войска — Сидора Игнатьевича Белого, его преемника — атамана Захария Чепегу — кавалера ордена Святого Георгия 3-го класса и дважды награжденного золотым оружием князем Потемкиным и самой императрицей (он стал первым кавалером в истории Войска). Войсковым Судьей, а фактически — адмиралом гребной флотилии, был и Антон Андреевич Головатый. За штурм Измаила новыми офицерскими чинами были пожалованы 500 казаков-черноморцев. Вспомнить всех невозможно, назовем лишь наиболее известные имена. Логин Мещанский, Ломак Легкоступ, Колпак, Иван Высо-чин, Андрей Белый, Тимковский, Иван Сухин, Левко Малый, Моний Гулик, Сутыка, Котляревский — вошли в историю, как командиры групп казачьих лодок в морских сражениях и дальних походах. Так что по квалификации они офицерам русского регулярного Черноморского флота как минимум не уступали. За участие в морских операциях, наравне с регулярным Черноморским флотом, казачья флотилия получила брейд-вымпел, три знамени от князя Потемкина, знамя и почетные серебряные трубы от Екатерины II. В отличие от донских казаков, получивших памятные золотые и серебряные медали за пеший штурм Измаила, черноморцы были награждены за бой с турецким флотом. Получили одно знамя за победу на море и от Николая 1.
Запорожцы, имея многовековые морские традиции, дольше донцов сохраняли свой суверенитет на море, и потому часть их послужила для формирования еще одного морского казачьего Войска — Азовского.