30 апреля к полудню, как только пушки и мортиры изготовили к стрельбе, а войска заняли исходные позиции и приготовились к штурму, Петр послал к коменданту шведской крепости парламентера, который, однако, вернулся, так и не получив ожидаемого ответа. Шведы не хотели уступать крепость русским. Тогда, ближе к вечеру, русские открыли огонь по крепости из двадцати 24-фунтовых пушек и двенадцати мортир. Обстрел продолжался до самого утра. И, как явствует из «Журнала или поденной записки, блаженныя и вечнодостойныя памяти Государя Императора Петра Великаго с 1698 года, даже до заключения Нейштатскаго мира»: «Майя в 1-й день на разсвете в 5 часу неприятель стал бить шамад. Тогда от наших пушечная стрельба и метания бомб унято (прекращено. —
1 мая Преображенский полк вошел в Канцы. У арсенала и батарей были выставлены караулы. Шведам дали несколько дней на сборы. В качестве трофеев русские взяли шесть медных пушек и мортир, 72 чугунные пушки и мортиры, более 50 бомб и 195 бочек пороха.
2 мая отслужили благодарственный молебен, произвели традиционный троекратный салют из пушек и ружей. В день торжества Петр переименовал эту крепость в Шлотбург, что означало «город-замок». Теперь и ключ, и замок были в руках русского царя. Путь в Балтийское море преграждал только неприятельский флот. Ликовавший Петр писал адмиралтейцу Ф.М. Апраксину: «Ничто иное могу писать, только слава, слава, слава Богу за исправление нашего штандарта…». Царь имел в виду вот что: с этого времени изображенный на царском штандарте двуглавый орел, ранее державший в клювах и правой лапе карты Азовского, Белого и Каспийского морей, получал в свободную левую лапу еще и карту Балтийского моря.
На следующий день после взятия крепости к устью Невы подошла шведская эскадра в составе девяти вымпелов под командованием вице-адмирала Г. фон Нумерса, который еще не знал о падении крепости. Русские же, как полагалось и у шведов, утром и вечером стреляли из пушек «шведский лозунг», то есть подавали условный сигнал из двух выстрелов, свидетельствовавший о том, что в крепости все в порядке. Над крепостью по-прежнему развевался шведский флаг. Для доставки письма коменданту крепости Нумерсом были направлены два судна: 5-пушечный вице-адмиральский бот «Гедан» и 10-пушечная шнява «Астрильд». Они вошли в Неву и бросили якоря напротив Екатерингофа, что за Гутуевским островом. Петр рассчитывал на внезапность. Он понимал, что шведские пушки на этапе сближения могут доставить большие неприятности.
Петр I вместе с Меншиковым («понеже иных на море знающих никого не было») выжидали удобный для атаки момент, укрывшись за островом. В готовности были тридцать гребных лодок с солдатами Семеновского, Преображенского и «низовых» полков. Дождавшись рассвета, рано утром 7 мая Петр отдал приказ на абордаж. «Половина лодок поплыли тихою греблею возле Васильевского острова под стеною онаго леса и заехали оных от моря; а другая половина с верху на них пустилась». Надвигавшаяся с запада туча, а затем дождь мешали рассмотрению приближавшихся русских лодок, тем более, что ничто не предвещало неприятностей. Из крепости снова дали положенный артиллерийский сигнал. Создавалась полная иллюзия присутствия в Канцах шведов.
Бой был жарким. Почти в одно время восемь лодок пристали к высоким бортам неприятельских судов. Вначале на палубы этих судов полетели гранаты, затем начался абордаж. В дело пошли тесаки и палаши. Впоследствии Петр писал: «… хотя неприятель жестоко стрелял из пушек, однако ж наши, несмотря на то, с одной мушкетною стрельбой и гранатами, понеже пушек не было, оныя оба судна абордировали и взяли. Понеже неприятели пардон зело поздно закричали, того для солдат трудно унять было, едва не всех перекололи». Остальные семь кораблей эскадры Ну мерса не решились вступить в бой и поспешили уйти в море.
Шведы потеряли убитыми двух поручиков, штурмана, подштурмана, двух констапелей, двух боцманов, двух боцманматов, квартирмейстера и 47 волонтеров, матросов и солдат. В плену оказались штурман, кают-юнга и 17 матросов и солдат.