Период военной разведки советской России — Советского Союза — Российской Федерации начался в 1918 году. В феврале 1918 года германские, а затем австро-венгерские и турецкие войска начали интервенцию против советской России с целью захвата и колонизации ряда ее областей. Позже в этот процесс включились американские, британские, французские и японские войска, что в немалой степени способствовало развертыванию Гражданской войны в России (1918–1920). 4 марта 1918 года для защиты режима и формирования кадровой Красной армии создается орган стратегического руководства вооруженными силами советской республики — высший военный совет. Военным руководителем высшего совета назначается генерал-лейтенант царской армии Михаил Дмитриевич Бонч-Бруевич (1870–1956). Он обладал опытом работы в военной разведке и понимал ее значение для вооруженных сил. именно по его инициативе были приняты меры по созданию разведывательных и контрразведывательных органов в Красной армии. Его предложения, изложенные в письме председателю совета народных комиссаров Владимиру Ильичу Ленину (Ульянов, 1870–1924), были рассмотрены и одобрены высшим военным советом, который 5 июля 1918 года утвердил общее положение по разведывательной и контрразведывательной службе, после чего в управлении генерал-квартирмейстера создается разведывательное отделение.
А до этого, в мае 1918 года, с созданием всеРоссийского главного штаба, в состав его оперативного управления был введен военно-статистический отдел, который включал в себя разведывательную часть и регистрационную службу (военную контрразведку). По положению высший военный совет организовывал разведывательную деятельность в районе демаркационной линии и на участках отрядов завесы — оперативных объединений армии в начальный период Гражданской войны, состоявших из участков, каждый из которых имел несколько отдельных отрядов, для обороны демаркационной линии, установленной после Брестского мира 1918 года между советской Россией и странами Четверного союза. ВсеРоссийский главный штаб занимался стратегической разведкой за рубежом, а оперативный отдел народного комиссара по военным делам — против всех сил, грозящих агрессией советской России.
В начале октября 1918 года, в связи с дальнейшим обострением обстановки на фронтах Гражданской войны, руководство всеми органами военного контроля (контрразведка) и агентурной разведкой сосредоточивается в Полевом штабе революционного военного совета республики (РВСР), образованного в сентябре 1918 года. Одной из функций штаба являлось составление докладов о стратегическом положении на фронтах, оперативных и разведывательных сводок, а также учет вооруженных сил, сбор и обработка всей информации о вооруженных силах противника. Надо отметить, что в тот период в Полевом штабе работали и бывшие офицеры царской армии, в свое время окончившие Академию Генерального штаба и имевшие необходимые профессиональные навыки по организации разведки, обработке и анализу разведывательной информации. К примеру, разведывательный отдел Полевого штаба возглавлял бывший полковник Генерального штаба, знаменитый впоследствии Маршал Советского Союза Борис Михайлович Шапошников (1882–1945).
1 ноября 1918 года заместитель председателя РВСР Эфраим Маркович склянский (1892–1925), член РВСР Карл-Юлий Христианович Данишевский (1884–1938) и главнокомандующий вооруженными силами республики Иоаким Иоакимович Вацетис (Вациетис, 1873–1938) утвердили штат Полевого штаба РВСР. До надлежащих учреждений и лиц он был доведен секретным приказом РВСР № 197/27 от 5 ноября 1918 года. Согласно штатам, было сформировано всего шесть управлений. Руководство войсковой (тактической) разведкой возлагалось на разведывательное отделение (часть) оперативного управления, а агентурной — на регистрационное управление (РЕГИСТРУПР) Полевого штаба. Последнее позже и стали считать родоначальником нынешнего Главного разведывательного управления Генерального штаба вооруженных сил. Пятого же ноября, ежегодно, все военные разведчики Советского Союза / Российской Федерации стали отмечать как день рождения своего разведывательного органа.
Вначале в состав регистрационного управления входило два отдела: агентурный (разведывательный) и военного контроля (контрразведывательный). В самом конце января 1919 года революционный военный совет республики, в связи с увеличением специфических задач, дополнил штаты регистрационного управления Полевого штаба созданием Морского агентурного отделения, сосредоточившего в своем ведении морскую агентурную разведку вооруженных сил республики. К сведению, 29 января 1999 года разведка военно-морского флота Российской Федерации, не афишируя, но торжественно отметила свое 80-летие.
В феврале 1919 года при регистрационном управлении был организован уже Морской разведывательный отдел (2-й, морской агентурный разведывательный отдел), а на местах соответственно морские разведывательные отделения.