Способность Чингиз-хана назначать нужного человека на соответствующую должность во многом способствовала успеху его предприятий как в военных кампаниях, так и в организации империи. Сам Чингиз-хан всегда ценил помощь, оказанную ему его полководцами, дипломатами и чиновниками, и щедро вознаграждал их. И все же неоспорима его ведущая роль во всех важных военных и политических решениях, принятых в период его правления. Не подлежит сомнению талант Чингиз-хана умело координировать деятельность своих подчиненных. Можно уверенно сказать, что как военный предводитель и государственный деятель он имел широкий кругозор и обладал чувством реальности.
Перед смертью Чингиз-хан выделил каждому из своих сыновей от первой жены, Бортэ, часть империи. Толуй, как младший сын, получил ядро владений рода Борджигинов — центральную и западную часть Монголии, Чагатай получил территорию бывшего царства Кара-Кидан, имеющую центром бассейн реки Или. Джунгария, включая и район верхнего Иртыша, стала владением третьего сына — Угэдэя. Наконец, вновь завоеванный регион к северу от Аральского моря (сегодняшний Казахстан) был отдан старшему сыну — Джучи; после смерти Джучи (о чем Чингиз-хан был извещен незадолго до своей собственной кончины) регион перешел к его второму сыну — Бату (в литературе закрепилось русифицированное «Батый»).
В дополнение к полученному улусу каждый сын Чингиз-хана принял командование над частью монгольской армии. Толуй получил львиную долю: 101 тысячу войск из 129 тысяч. Но чтобы не подрывать единства империи, раздел войск должен был произойти лишь в период междуцарствия, до выбора курултаем нового великого хана. Регентом был назначен Толуй.
Все монгольские вожди пришли к согласию, что только сын Чингисхана может занять трон; курултай должен был лишь сделать выбор между ними. Следует отметить в этой связи, что, хотя Толуй и был любимцем своего отца, Чингисхан незадолго до смерти назначил в качестве своего преемника Угэдэя, поскольку, по его мнению, Угэдэй был более способен к управлению империей, нежели три других сына. Регент, очевидно, не хотел оказывать какое-либо давление на родовых вождей и дал им достаточно времени для рассмотрения кандидатов. Курултай, на котором должно быть принято решение, собрался в 1229 году. Многие из его членов готовы были отдать предпочтение Толую. Последний, однако, отказался от выдвижения своей кандидатуры, и великим ханом единогласно избрали Угэдэя. Новый правитель полностью разделял идеи своего отца относительно универсальной империи и отнесся к этой задаче со всей серьезностью. Под его властью монгольское государство обратилось от старых привычек степного владычества к новым админ истративным системам. В этом плане очень характерна история, изложенная в китайском повествовании о монгольской династии. После завоевания Северного Китая один монгольский вельможа старой школы предложил Угэдэю уничтожить народ Северного Китая, стереть с лица земли города и деревни, а всю территорию Северного Китая превратить в пастбища. Никакой выгоды, рассуждал он, для монголов в существовании северных китайцев нет. Выступив против этого варварского плана, Елюй Чуцай ввел Угэдэя в тонкости извлечения выгоды из некочевых подданных Монгольской империи путем введения налогов и сборов с торговли и производства, использования железорудных и иных залежей природных полезных ископаемых. Он сулил большие доходы в деньгах, тканях и рисе. К счастью для китайцев — и для самих монголов.
Угэдэй принял программу Елюя Чуцая и тем самым заложил прочную основу для будущего управления Монгольской империи.
Угэдэй прибегал также к советам своего «госсекретаря» уйгура Чинкая и мусульманского торговца Махмуда Ялавача. Прислушиваясь к их мнению, он приложил огромные усилия для развития и улучшения административных институтов и усиления власти императора во внутренних и внешних делах. Он действовал в строгом взаимодействии с Чагатаем, с которым, как со своим наиболее старшим по возрасту братом, он консультировался по всем важным делам.
До завоевания какой-либо новой страны следовало восстановить ослабевшее монгольское владычество в Китае и Персии. После смерти Мухали в 1223 году монгольское наступление в Китае замедлилось, и в 1228 году началось контрнаступление противника. Из Персии монголы ушли еще до кончины Чингиз-хана; Джалал ад-Дин, который вернулся из Дели при первой же возможности, был признан султаном персидскими вельможами и городами. Угэдэя более заботила ситуация в Китае, нежели персидские дела; и, соответственно, главная монгольская армия под командованием Толуя была послана против государства и династии Цзинь. Чтобы гарантировать успех кампании, Угэдэй заключил соглашение с империей Сун в Южном Китае. Сун изъявила желание послать военный контингент против Цзинь с условием, что после победы монголы отдадут им бывшую провинцию Цзинь Хэнань. Во взаимодействии с династией Сун монголы завершили завоевание государства Цзинь к 1234 году.
Толуй умер до окончания кампании.