10 марта 1918 года гражданин С. И. Щукин, которому не удалось ни сдать коллекцию на хранение в Музей изящных искусств, ни перевезти в Кремль, обратился в Комиссию по охране памятников и художественных сокровищ при Совете рабочих и солдатских депутатов со следующим прошением: «Ввиду того, что в настоящее время охрана Щукинской картинной галереи и библиотеки требует, чтобы ими заведовало лицо, близко с ними знакомое, которое в состоянии было бы всецело посвятить себя этой деятельности, а также составлению подробной описи новых приращений, покорнейше прошу Комиссию не отказать в утверждении хранителем и библиотекарем Щукинской картинной галереи и библиотеки Михаила Павловича Келлера [65]
». 10 марта 1918 года помощник комиссара имуществ Народной республики Москвы с округами Евгений Орановский утвердил М. П. Келлера, зятя С. И. Щукина, в должности хранителя.Назначение Келлера давало шанс не допустить в галерею чужаков и обезопасить коллекцию. Келлер в армию призван не был, но с начала войны служил в столице при Генеральном штабе. После октябрьского переворота Михаил Петрович с Екатериной Сергеевной и детьми вернулись в Москву и поселились на Знаменке, где прожили до конца 1921 года. Келлер оставался в должности хранителя недолго: 4 октября ему пришлось сдать Комиссии по делам музеев при Наркомпросе коллекцию — все 256 поименованных в каталоге единиц хранения. Их владелец при этом не присутствовал, поскольку с августа в Москве не проживал.
Еще в мае Сергей Иванович со всем семейством переехал в Кунцево и поселился на огромной солдатенковской даче. Осталось множество фотографий последнего лета на родине: счастливый Сергей Иванович с маленькой девочкой в нарядном белом платье. Никто не видел, как он посадил жену, дочку и гувернантку на «украинский» поезд — единственный, связывавший большевистскую Москву с еще свободным югом. Дамы добрались до Киева, а оттуда двинулись в Германию. На границе (фронт перемирия между Советской Россией и зоной германской оккупации проходил за Курском) им, правда, пришлось пережить немало неприятных минут — не из-за документов (разумеется, фальшивых), а из-за куклы Тамары, с которой ехала трехлетняя Ирина. Переодеть дорогую куклу никому не пришло в голову, и ее роскошный наряд вызвал подозрение. Рассказывают, что солдат попытался отобрать Тамару (так звали куклу и так же значилась в документах Надежды Афанасьевны дочка, которую перед отъездом долго учили отзываться на новое имя), но девочка начала рыдать, пассажиры — заступаться за ребенка и шуметь… Короче, куклу вернули владелице, и Ирочка, она же Тамарочка, не расставалась с ней до самого Киева. Как оказалось, родители не придумали ничего лучшего, как зашить в любимую куклу золото и драгоценности.
В июле, когда в Москве был убит немецкий посол граф Мирбах и попытка втравить Германию в войну с Россией провалилась, когда левых эсеров отстранили от власти, а в далеком Екатеринбурге зверски расправились с царской семьей, Надежда Афанасьевна была в безопасности. Теперь к отъезду начали готовиться Сергей Иванович с сыном. В доме на Большой Никитской устроили прощальный вечер. Аня Смыслова, одна из воспитанниц, вспоминала тот летний день почти как праздник: молодежь особенно веселилась, было шумно — никто не сомневался, что уезжающие очень скоро вернутся, через год в крайнем случае, никак не позже. Когда появился элегантный Иван Сергеевич Щукин, с огромными, как на сарьяновском портрете, глазами-«пушками», иссине-черными волосами и бледный как полотно, всем стало немного не по себе.
В августе Сергей Иванович вместе с сыном, оба с фальшивыми паспортами, уехали. По семейной легенде, больше, правда, похожей на анекдот, носильщики на вокзале узнали Щукина и наперебой стали предлагать поднести багаж.
Дачный сезон еще не закончился, и понять, кто ехал в Малаховку или Пушкино, а кто гораздо дальше, было сложно. Но новая власть все просчитала: в конце сентября вышел декрет, объявлявший всех не вернувшихся с дачи скрывшимися, а их имущество — подлежащим конфискации. «Все лето и осень уходили из Москвы в Киев украинские поезда, каждый в сопровождении представителя украинского министерства иностранных дел», — вспоминал князь Илларион Голицын, как и Щукины, спасшийся благодаря «украинскому поезду». По счастью, всем им удалось исчезнуть из города до начала красного террора. В сентябре, после убийства в Петрограде председателя ЧК Михаила Урицкого и покушения Фанни Каплан на Ленина в Москве, началось повальное взятие заложников и расстрелы.