В промежутке между нанесением первого и второго ударов Хелси вместе с подчиненным ему Флетчером обменивались оживленными сигналами по поводу состава второй группы. Хелси, верный своей натуре и ожиданиям японцев, был готов обрушить на врага все имевшиеся в его распоряжении ресурсы. Флетчер проявил склонность к более осторожным действиям, намек на которые можно было обнаружить в двойственных наставлениях Нимица. Он стремился оставить больше истребителей для обороны авианосцев, которые неминуемо должны были подвергнуться японской атаке. Он полагал, что лучше ослабить мощь американской атаки, чем потерять авианосцы. В конце концов Хелси изменил своему характеру — есть свидетельства, что в тот день он чувствовал себя особенно нездоровым — и согласился на фатальный компромисс. В результате в атаку было послано недостаточное для выполнения боевой задачи количество истребителей, а количество тех истребителей, которые были оставлены для обороны, также было недостаточно для обеспечения безопасности своего флота. Когда радары обнаружили появление восьмидесяти самолетов Егусы, их могли встретить только восемнадцать американских истребителей.
Какое-то время удача сопутствовала американцам. Решение Ямамото сохранить в резерве большую часть своих истребителей в какой-то степени уравновесило решение американцев. Во-вторых, оперативная группа Флетчера, находившаяся в семи милях позади от Хелси, оказалась в самый ответственный момент закрытой облаками и не была замечена японскими летчиками. Кроме того, японцам не удалось правильно распределить свои самолеты для атаки на «Хорнет» и «Энтерпрайз», и последнему удалось избежать особых повреждений. Две бомбы упали на краю его авиационной палубы и две торпеды прошли рядом. Пожар на палубе был потушен без особого труда.
Находившемуся в полумиле от него «Хорнету» не удалось отделаться так легко. В него попало не менее пяти бомб и двух торпед. Командный пост был уничтожен, капитан и его штаб были убиты. Подъемник был взорван, и его обломки были разбросаны по всему надпалубному сооружению. Две другие бомбы, прежде чем взорваться, задели авиационную палубу и угодили в палубу под навесом. Повторная волна взрывов прокатилась после того, как загорелись склады с боеприпасами. В 11.45 экипажу был отдан приказ — покинуть горящее и давшее крен судно. Более четырехсот моряков были заблокированы под палубами и, не сумев выбраться оттуда, пошли на дно вместе с авианосцем спустя двадцать пять минут.
По потерям авианосцев счет сравнялся — «один — один».
К этому времени Ямамото и Нагумо нанесли второй удар со своих трех оставшихся в строю авианосцев. Они сумели подготовиться и ко второму удару противника. Известие о гибели «Хорнета» стало компенсацией за потерю «Kara». Теперь семь японских авианосцев противостояли трем американским и самолеты всех семи японских авианосцев были готовы к атаке. Им необходимо было только отбить последнюю воздушную атаку.
Небо над флотом Ямамото было безоблачным, и американским пилотам не составило труда обнаружить три авианосца противника в кольце боевых кораблей. Однако это преимущество имело свою оборотную сторону, так как позволило не располагавшим радарами японцам заранее заметить американские самолеты и подготовиться к атаке. Все имевшиеся в наличии истребители «Зеро» были подняты в воздух, и события предыдущего часа были продублированы. На этот раз тяжелые торпедные бомбардировщики атаковали перед пикирующими бомбардировщиками. Один за другим они падали вниз, охваченные пламенем, попав под перекрестный огонь истребителей и корабельных зениток. Пикирующие бомбардировщики, сбившиеся с курса, подоспели через десять минут, и истребители «Зеро» не успели быстро набрать нужную высоту, чтобы предотвратить удары по «Хирю» и «Серю». Последнему удалось избежать серьезных повреждений, но в авиационную палубу «Хирю» попало сразу три 500-фунтовых бомбы. Вспыхнул пожар, который удалось потушить без особых затруднений, но до конца операции авианосец потерял возможность отправлять в бой и принимать самолеты. К 12.55 японский флот восстановил свое боевое построение, а американские самолеты исчезли в направлении своих авианосцев, найти которые им было уже не суждено. В сотне миль к северо-востоку начался финальный акт этой трагедии.
К 12.40 последние самолеты первой ударной американской группы приземлились на палубы «Йорктауна», «Энтерпрайза» и «Лексингтона». Командиры эскадрилий подтвердили свое предыдущее сообщение о том, что авианосец класса «Акаги» был выведен из строя и, вероятно, затонул. Хелси сообщил им, что от второй ударной группы пришло сообщение о выведении из строя еще одного авианосца. Теперь он намеревался разделаться с двумя оставшимися.