I период Смуты – династический (1598 – 1606 гг.). Главным его содержанием была борьба различных боярских родов и политических сил за царский трон и верховную власть в государстве.
15 мая 1591 г. 9-летний Дмитрий был найден во дворе с перерезанным горлом. Следственная комиссия князя Василия Шуйского пришла к выводу, что с царевичем во время игры с ножом случился припадок падучей болезни (эпилепсии). Народная же молва и противники Годунова приписывали убийство Борису, для которого Дмитрий действительно был единственной серьезной преградой на пути к царскому трону.
Одним из наиболее ярких дел царствования Федора Иоанновича было учреждение, не без подсказки Б. Годунова, патриаршества на Руси в 1589 г. (первым патриархом стал Иов). Этот акт сделал Русскую Православную Церковь
После смерти в январе 1598 г. царя Федора, в чем многие его современники обвиняют Годунова, династия Рюриковичей прекратила свое существование. Полтора месяца шла ожесточенная борьба за трон между партиями Б. Годунова и Федора Никитича Романова (будущий патриарх Филарет). В ход шло все: интриги, подкуп, угрозы, выдача дворянскому войску жалования за три года вперед и т.п. Несмотря на сопротивление боярской думы, 17 февраля 1598 г. Земский собор, по предложению патриарха Иова, избрал царем Б. Годунова (1598 – 1605 гг.). Выбранный на царство вопреки воле определенной части крупного боярства, Борис, как верный ученик Ивана Грозного, проводил политику экономического и политического ограничения власти крупных феодалов, делая ставку на дворянство и бюрократию.
Борис Годунов освободил дворянские земли от обложения налогом, выделив их в так называемые "белые земли". Им были приняты меры по ужесточению сыска беглых крестьян. Боярам было запрещено выводить крестьян из черных земель для заселения своих вотчин. Эту привилегию оставили лишь дворянам.
Одним из ярких проявлений противостояния боярства и Годунова были события 1600 г. Осенью здоровье Бориса резко ухудшилось, появился призрак вновь освобождавшегося трона. В центре заговора против Годунова встали бояре Романовы. 26 октября 1600 г. царские стрельцы разгромили двор Романовых в Москве, на котором находилось несколько сот их вооруженных сторонников и дворовых людей. Среди последних присутствовал еще никому не известный Юрий Отрепьев.