С последующим продвижением на восток возникла необходимость предоставить больше власти воеводам некоторых более отдаленных городов. В 1629 г. организовали Томский разряд. В 1638 г. воевода Якутска получил власть, соответствующую положению главы разряда. В 1676-1677 гг. был создан Енисейский разряд.1420
Следует отметить, что разряд, введенный как форма административного управления в Сибири, позже послужил образцом для сходных административных реформ в самой Московии. При царе Михаиле в 1636 г. сформировали разряд для охраны московско-украинской границы. При царе Алексее создали Новгородский разряд (для защиты от шведов), Севский и Белгородский – в южной Руси (против крымских татар).
До образования других сибирских разрядов Тобольск являлся административной столицей Сибири. После учреждения новых разрядов тобольский воевода потерял большую часть своей прежней власти. Москва рассматривала сибирские разряды как более или менее независимые друг от друга. Все подчинялись Сибирскому Приказу в Москве, там дела каждого разряда велись отдельно. Кроме того, каждый воевода ревностно относился к собственной власти и всегда был готов оспорить право воеводы Тобольска действовать в качестве старшего.
Несмотря на все это, географическое положение Тобольска и другие обстоятельства сами собой делали власть его воеводы большей, чем других. Во многих делах тобольский воевода оставался посредником между московским правительством и воеводами более отдаленных городов. Тобольск превратился в основную базу людских ресурсов и запасов для всей Сибири, лагерь для колонистов и ссыльных, а также в главный центр получения информации об остальной Сибири. Распределять людей, оружие, продовольствие и другие припасы было легче из Тобольска, чем из Москвы.1421
В связи с особым значением города, пост старшего воеводы Тобольска считался одним из самых важных в градации московских административных должностей. Его обычно выбирали из известного боярского рода, и, чаще всего, он был человеком уже прославившимся своим административным талантом и энергией.
Самым выдающимся руководителем из тобольских воевод при царе Михаиле был князь Юрий Сулешев. При царе Алексее наиболее творческий и инициативный тобольский воевода – стольник Петр Иванович Годунов, занимавший пост старшего воеводы с 1667 по 1670 гг.1422
Свою главную цель Годунов видел в содействии государственной власти (государевым делам) и государственным интересам (государским прибылям). Получив назначение в Тобольск, Годунов разработал широкую программу военных, административных, финансовых и экономических реформ, благодаря которым сумел решить много насущных и остростоящих вопросов. Не все его реформы были успешны, но, взятые вместе, они оказались очень важными для будущего развития Сибири.
Как только Годунов в 1667 г. прибыл в Тобольск, он приказал произвести перепись населения во всех городах и сельских районах Тобольского разряда. Целью переписи, согласно инструкции Годунова местным официальным лицам, являлось выяснить как экономическое положение и способность платить налога различных групп населения, так и обороноспособность городов, особенно расположенных в южной части западной Сибири, открытой для нападений калмыков, башкир и других противников.
Что касается военных дел, то Годунов решил не только реорганизовать вооруженные силы под своим командованием, но и построить укрепленную линию для защиты южной части Тобольской провинции (районы Шадринска и Тюмени).
Работа по возведению линии началась на востоке у городка Тарханский острог на реке Тобол. Оттуда она прошла вверх по Тоболу к Ялуторовску, а затем на запад вверх по реке Исеть, через Шадринск и Далматово к Уральской горной гряде. Общая длина линии должна была составить 472 версты. Она состояла из засек (преград из поваленных деревьев в лесных районах) и в некоторых местах из рвов и земляных валов. Между существующими укрепленными городами Дополнительно построили несколько новых крепостей. За время службы Годунова на этом посту линию полностью не закончили, однако она служила своей цели.
Сибирские вооруженные силы первоначально состояли из стрельцов, казаков и вспомогательных отрядов местных жителей. В самой Московии, начиная примерно с 1630 г., при помощи иностранных специалистов создавались новые армейские подразделения. Большую часть из них расформировали после неудачной войны с Польшей 1632-1634 гг. При царе Алексее эксперимент повторили в более широком масштабе, и отряды нового типа – рейтары (кавалерия) и солдаты (пехота) – постепенно стали основой московских армий.
В 1661 г. один из предшественников Годунова в Тобольске, князь Иван Хилков, организовал два отряда модернизированных войск, кавалерийский и пехотный. Людей набирали на месте и отдавали на подготовку к инструкторам, каких смогли найти, большинство из которых сами не имели представления о новых методах.